OMA 2011: orthology inference among 1000 complete genomes.
OMA 2011: orthology inference among 1000 complete genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1238
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dessimoz C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Altenhoff AM;Schneider A;Gonnet GH;Dessimoz C
OMA（直向同源矩阵）是一个数据库，用于识别公开可用的完整基因组中的直向同源物。该项目于 2004 年启动，目前已发布第 11 版。它现在包含 1000 个基因组，使其成为同类资源中最大的资源之一。在这里，我们描述了所涵盖物种的最新发展；算法管道——特别是关于选择性拼接的处理以及网络（OMA 浏览器）和编程接口（SOAP API）的新功能。在第二部分中，我们回顾了 OMA 提供的各种表示及其典型应用。该数据库可通过 http://omabrowser.org 公开访问。
OMA (Orthologous MAtrix) is a database that identifies orthologs among publicly available, complete genomes. Initiated in 2004, the project is at its 11th release. It now includes 1000 genomes, making it one of the largest resources of its kind. Here, we describe recent developments in terms of species covered; the algorithmic pipeline—in particular regarding the treatment of alternative splicing, and new features of the web (OMA Browser) and programming interface (SOAP API). In the second part, we review the various representations provided by OMA and their typical applications. The database is publicly accessible at http://omabrowser.org.
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