Biogeographic patterns of bacterial microdiversity in Arctic deep-sea sediments (HAUSGARTEN, Fram Strait).
Biogeographic patterns of bacterial microdiversity in Arctic deep-sea sediments (HAUSGARTEN, Fram Strait).
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DOI：
10.3389/fmicb.2014.00660
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发表时间：
2014
影响因子：
5.2
通讯作者：
Ramette A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Buttigieg PL;Ramette A
北冰洋是一个快速变化的生态系统，海洋细菌在北冰洋下的深海沉积物中定居，已显示出沿沿着数十公里和水深数千米的断面具有重要的海洋地理模式。采用了微生物多样性的经典观点--基于16 S rRNA基因97%序列同一性水平上的操作分类单位聚类--并观察到豪斯加滕长期生态研究站（东弗拉姆海峡）的非常大的微生物群落替换。在这里，我们重新审视了这些数据，使用寡聚型的方法，旨在获得新的见解与海洋沉积物中的细菌微多样性的生态和微生物学模式。我们还评估了这些见解与先前获得的结果的一致性水平。寡型扩散范围的变化，相对丰度，共现，和分类身份有关的环境参数，如水深，生物量和沉积色素浓度。本研究评估了生态影响的新的微多样性为基础的技术，使用一个良好的特征数据集的全球变化生物学的高度相关性。
Marine bacteria colonizing deep-sea sediments beneath the Arctic ocean, a rapidly changing ecosystem, have been shown to exhibit significant biogeographic patterns along transects spanning tens of kilometers and across water depths of several thousand meters. adopted what has become a classical view of microbial diversity – based on operational taxonomic units clustered at the 97% sequence identity level of the 16S rRNA gene – and observed a very large microbial community replacement at the HAUSGARTEN Long Term Ecological Research station (Eastern Fram Strait). Here, we revisited these data using the oligotyping approach and aimed to obtain new insight into ecological and biogeographic patterns associated with bacterial microdiversity in marine sediments. We also assessed the level of concordance of these insights with previously obtained results. Variation in oligotype dispersal range, relative abundance, co-occurrence, and taxonomic identity were related to environmental parameters such as water depth, biomass, and sedimentary pigment concentration. This study assesses ecological implications of the new microdiversity-based technique using a well-characterized dataset of high relevance for global change biology.
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DOI：
10.1038/ismej.2014.97
发表时间：
2015-01
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Jacob M;Soltwedel T;Boetius A;Ramette A
通讯作者：
Ramette A
DOI：
10.1073/pnas.1409644111
发表时间：
2014-07-15
影响因子：
11.1
作者：
Eren, A. Murat;Borisy, Gary G.;Welch, Jessica L. Mark
通讯作者：
Welch, Jessica L. Mark
影响因子：
3.7
作者：
Eren AM;Zozaya M;Taylor CM;Dowd SE;Martin DH;Ferris MJ
通讯作者：
Ferris MJ
DOI：
10.1038/ismej.2014.195
发表时间：
2015-03-17
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
Eren AM;Morrison HG;Lescault PJ;Reveillaud J;Vineis JH;Sogin ML
通讯作者：
Sogin ML