Cyclebase.org--a comprehensive multi-organism online database of cell-cycle experiments.
Cyclebase.org--a comprehensive multi-organism online database of cell-cycle experiments.
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DOI：
10.1093/nar/gkm729
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Jensen TS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gauthier NP;Larsen ME;Wernersson R;de Lichtenberg U;Jensen LJ;Brunak S;Jensen TS
在过去的十年里，已经发表了大量的细胞周期微阵列研究，还有更多的研究正在筹备中。然而，这些实验的数据并不容易获得、联合收割机和评估。我们开发了一个集中的数据库，其界面易于使用，Cyclebase.org，用于查看和下载这些数据。用户界面便于搜索感兴趣的基因以及下载全基因组结果。单个基因与来自所有可用实验的整个细胞周期的表达谱图一起显示。将这些表达谱标准化为共同的时间尺度，以能够检查组合的实验证据。此外，最先进的计算分析提供了关于单个实验和组合数据集的关键信息，例如基因是否周期性表达，如果是，峰值表达的时间。Cyclebase可在http://www.cyclebase.org上获得。
The past decade has seen the publication of a large number of cell-cycle microarray studies and many more are in the pipeline. However, data from these experiments are not easy to access, combine and evaluate. We have developed a centralized database with an easy-to-use interface, Cyclebase.org, for viewing and downloading these data. The user interface facilitates searches for genes of interest as well as downloads of genome-wide results. Individual genes are displayed with graphs of expression profiles throughout the cell cycle from all available experiments. These expression profiles are normalized to a common timescale to enable inspection of the combined experimental evidence. Furthermore, state-of-the-art computational analyses provide key information on both individual experiments and combined datasets such as whether or not a gene is periodically expressed and, if so, the time of peak expression. Cyclebase is available at http://www.cyclebase.org.
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