Tn5 transposase and tagmentation procedures for massively scaled sequencing projects.
Tn5 transposase and tagmentation procedures for massively scaled sequencing projects.
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DOI：
10.1101/gr.177881.114
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发表时间：
2014-12
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Sandberg R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Picelli S;Björklund AK;Reinius B;Sagasser S;Winberg G;Sandberg R
现在可以在单个机器运行中对数千个样品进行大规模并行DNA测序，但是单个测序文库的制备昂贵且耗时。使用Tn5转座酶的基于标签化的文库构建对于生成测序文库是有效的，但目前依赖于未公开的试剂，这严重限制了新应用的开发和大规模项目的执行。在这里，我们提出了简单而强大的程序Tn5转座酶的生产和优化的反应条件，标签为基础的测序文库建设。我们进一步展示了分子拥挤剂如何调节文库长度，并使亚皮克量的cDNA有效的标签化。使用生产的和商业化的Tn5产生的单细胞RNA测序文库的比较证明了在基因检测和文库特征方面的相同性能。最后，由于裸Tn5可以与任何选择的寡核苷酸退火，例如，单细胞测定中的分子条形码或用于亚硫酸氢盐测序的甲基化寡核苷酸，因此定制Tn5生产和标签片段化能够在基于测序的应用中实现创新。
Massively parallel DNA sequencing of thousands of samples in a single machine-run is now possible, but the preparation of the individual sequencing libraries is expensive and time-consuming. Tagmentation-based library construction, using the Tn5 transposase, is efficient for generating sequencing libraries but currently relies on undisclosed reagents, which severely limits development of novel applications and the execution of large-scale projects. Here, we present simple and robust procedures for Tn5 transposase production and optimized reaction conditions for tagmentation-based sequencing library construction. We further show how molecular crowding agents both modulate library lengths and enable efficient tagmentation from subpicogram amounts of cDNA. The comparison of single-cell RNA-sequencing libraries generated using produced and commercial Tn5 demonstrated equal performances in terms of gene detection and library characteristics. Finally, because naked Tn5 can be annealed to any oligonucleotide of choice, for example, molecular barcodes in single-cell assays or methylated oligonucleotides for bisulfite sequencing, custom Tn5 production and tagmentation enable innovation in sequencing-based applications.
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DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
48
作者：
Sandberg, Rickard
通讯作者：
Sandberg, Rickard
DOI：
10.1101/sqb.1979.043.01.046
发表时间：
1979-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
SCHALLER, H
通讯作者：
SCHALLER, H
影响因子：
48
作者：
Picelli, Simone;Bjorklund, Asa K.;Sandberg, Rickard
通讯作者：
Sandberg, Rickard
影响因子：
48
作者：
Eberwine, James;Sul, Jai-Yoon;Kim, Junhyong
通讯作者：
Kim, Junhyong