Immunomagnetic B cell isolation as a tool to study blood cell subsets and enrich B cell transcripts.
Immunomagnetic B cell isolation as a tool to study blood cell subsets and enrich B cell transcripts.
复制标题
DOI：
10.1186/s13104-021-05833-z
复制
发表时间：
2021-11-18
影响因子：
1.8
通讯作者：
De Giorgi V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Henning AN;Green D;Baumann R;Grandinetti P;Highfill SL;Zhou H;De Giorgi V
免疫细胞的转录谱分析是生物医学研究中不可或缺的工具;然而，转录组学研究中常规使用的异质性样品类型可能掩盖重要的细胞类型特异性转录差异。分离所需细胞类型的技术用于克服这种限制。我们试图评估免疫磁性B细胞分离对RNA质量和转录输出的使用。此外，我们旨在开发代表新鲜分离的B细胞群体的B细胞基因特征，以用作验证分离功效的工具，并提供用于评价维持或偏离传统B细胞身份的转录标准。我们发现，通过免疫磁性B细胞分离进行阴性选择后，供者匹配的PBMC、全血和B细胞之间的RNA质量和RNA测序输出相当。转录分析使得能够开发85个基因的B细胞标记。当应用于来自公开来源的转录数据时，该特征有效地聚类了来自我们研究中的异质样品类型的分离的B细胞以及幼稚和记忆B细胞。此外，通过鉴定在B细胞中功能作用目前未知的B细胞标记基因，我们的基因标记已经揭示了未来研究的领域。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13104-021-05833-z获得。
Transcriptional profiling of immune cells is an indispensable tool in biomedical research; however, heterogenous sample types routinely used in transcriptomic studies may mask important cell type-specific transcriptional differences. Techniques to isolate desired cell types are used to overcome this limitation. We sought to evaluate the use of immunomagnetic B cell isolation on RNA quality and transcriptional output. Additionally, we aimed to develop a B cell gene signature representative of a freshly isolated B cell population to be used as a tool to verify isolation efficacy and to provide a transcriptional standard for evaluating maintenance or deviation from traditional B cell identity. We found RNA quality and RNA-sequencing output to be comparable between donor-matched PBMC, whole blood, and B cells following negative selection by immunomagnetic B cell isolation. Transcriptional analysis enabled the development of an 85 gene B cell signature. This signature effectively clustered isolated B cells from heterogeneous sample types in our study and naïve and memory B cells when applied to transcriptional data from a published source. Additionally, by identifying B cell signature genes whose functional role in B cells is currently unknown, our gene signature has uncovered areas for future investigation. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13104-021-05833-z.
登录
查看更多内容
影响因子：
--
作者：
Dobashi A;Togashi Y;Tanaka N;Yokoyama M;Tsuyama N;Baba S;Mori S;Hatake K;Yamaguchi T;Noda T;Takeuchi K
通讯作者：
Takeuchi K
影响因子：
4.4
作者：
Palmer, Chana;Diehn, Maximilian;Alizadeh, Ash A;Brown, Patrick O
通讯作者：
Brown, Patrick O
影响因子：
11.4
作者：
Farfsing, A.;Engel, F.;Pscherer, A.
通讯作者：
Pscherer, A.
磁颗粒在细胞分离和富集中的基本原理和应用：综述。
DOI：
10.1088/0034-4885/78/1/016601
发表时间：
2015-01
期刊：
Reports on progress in physics. Physical Society (Great Britain)
影响因子：
--
作者：
Plouffe BD;Murthy SK;Lewis LH
通讯作者：
Lewis LH
影响因子：
14.9
作者：
Wang J;Duncan D;Shi Z;Zhang B
通讯作者：
Zhang B