SBSI: an extensible distributed software infrastructure for parameter estimation in systems biology.
SBSI: an extensible distributed software infrastructure for parameter estimation in systems biology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt023
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发表时间：
2013-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gilmore S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Adams R;Clark A;Yamaguchi A;Hanlon N;Tsorman N;Ali S;Lebedeva G;Goltsov A;Sorokin A;Akman OE;Troein C;Millar AJ;Goryanin I;Gilmore S
系统生物学中复杂的计算实验，例如将模型参数拟合到实验数据，可能具有挑战性。它们不仅经常需要高水平的计算能力，而且运行实验所需的软件需要由具有不同计算专业知识水平的科学家使用，建模人员需要能够轻松获得最新的实验数据资源。我们已经开发了一个软件套件，系统生物学软件基础设施（SBSI），以促进参数拟合过程。SBSI是一个模块化软件套件，由三个主要组件组成：SBSIumerics，一个包含用于执行参数拟合的并行算法的高性能库; SBSIDispatcher，一个用于跟踪实验并将作业提交给后端服务器的中间件应用程序;以及SBSIVisual，一个用于配置优化实验并查看结果的可扩展客户端应用程序。此外，我们还创建了一个插件基础设施，使项目特定的模块可以轻松安装。插件开发人员可以利用现有的用户界面和应用程序框架来定制SBSI，以供自己使用，这得益于SBSI对标准数据格式的使用。可用性和实现：所有SBSI二进制文件和源代码都可以在Apache 2开源许可证下从http://sourceforge.net/projects/sbsi免费获得。服务器端SBSIumerics可以在任何基于Unix的操作系统上运行; SBSIVisual和SBSIDispatcher都是用Java编写的，并且是独立于平台的，允许在Windows、Linux和Mac OS X上使用。SBSI项目网站http://www.sbsi.ed.ac.uk提供了文档和教程。联系方式：stg@inf.ed.ac.uk补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: Complex computational experiments in Systems Biology, such as fitting model parameters to experimental data, can be challenging to perform. Not only do they frequently require a high level of computational power, but the software needed to run the experiment needs to be usable by scientists with varying levels of computational expertise, and modellers need to be able to obtain up-to-date experimental data resources easily. We have developed a software suite, the Systems Biology Software Infrastructure (SBSI), to facilitate the parameter-fitting process. SBSI is a modular software suite composed of three major components: SBSINumerics, a high-performance library containing parallelized algorithms for performing parameter fitting; SBSIDispatcher, a middleware application to track experiments and submit jobs to back-end servers; and SBSIVisual, an extensible client application used to configure optimization experiments and view results. Furthermore, we have created a plugin infrastructure to enable project-specific modules to be easily installed. Plugin developers can take advantage of the existing user-interface and application framework to customize SBSI for their own uses, facilitated by SBSI’s use of standard data formats. Availability and implementation: All SBSI binaries and source-code are freely available from http://sourceforge.net/projects/sbsi under an Apache 2 open-source license. The server-side SBSINumerics runs on any Unix-based operating system; both SBSIVisual and SBSIDispatcher are written in Java and are platform independent, allowing use on Windows, Linux and Mac OS X. The SBSI project website at http://www.sbsi.ed.ac.uk provides documentation and tutorials. Contact: stg@inf.ed.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
影响因子：
5.8
作者：
Adams, Richard R.
通讯作者：
Adams, Richard R.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn350
发表时间：
2008-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Maiwald T;Timmer J
通讯作者：
Timmer J
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5.8
作者：
Zi, Zhike
通讯作者：
Zi, Zhike
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作者：
Hirmajer T;Balsa-Canto E;Banga JR
通讯作者：
Banga JR