RAG: an update to the RNA-As-Graphs resource.
RAG: an update to the RNA-As-Graphs resource.
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DOI：
10.1186/1471-2105-12-219
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发表时间：
2011-05-31
影响因子：
3
通讯作者：
Schlick T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Izzo JA;Kim N;Elmetwaly S;Schlick T
在2004年，我们提出了一个网络资源，刺激寻找新的RNA，RNA-As-Graphs（RAG），分类，编目，并预测RNA二级结构基序使用聚类和建立的方法。近年来，随着RNA二级结构的不断增加，我们更新了RAG资源，并为RNA结构分析提供了各种改进。我们的RAG更新包括一个新的监督聚类算法，可以建议可能是“RNA样”的RNA基序。我们使用这个工具来描述RNA基序分为三类：现有的，RNA样的，和非RNA样的。这产生了126棵树和16，658个对偶图作为候选RNA样拓扑，使用监督聚类算法，现有RNA作为训练数据。这种聚类方法与早期方法的比较显示出相当大的改进。其他RAG功能包括大大扩展的搜索功能，更好地利用关系数据库的好处的接口，以及对一些实用程序的改进，如有向/标记图和子图搜索程序。这里提出的RAG更新通过对可用的基序进行分类，建议新的设计基序，并允许对特定拓扑结构进行更具体的搜索，从而增强了数据库的预期功能-刺激对新RNA功能的搜索。更新的RAG网络资源为用户提供了一个基于图形的工具，用于探索可用的RNA基序并建议新的RNA设计。
In 2004, we presented a web resource for stimulating the search for novel RNAs, RNA-As-Graphs (RAG), which classified, catalogued, and predicted RNA secondary structure motifs using clustering and build-up approaches. With the increased availability of secondary structures in recent years, we update the RAG resource and provide various improvements for analyzing RNA structures. Our RAG update includes a new supervised clustering algorithm that can suggest RNA motifs that may be "RNA-like". We use this utility to describe RNA motifs as three classes: existing, RNA-like, and non-RNA-like. This produces 126 tree and 16,658 dual graphs as candidate RNA-like topologies using the supervised clustering algorithm with existing RNAs serving as the training data. A comparison of this clustering approach to an earlier method shows considerable improvements. Additional RAG features include greatly expanded search capabilities, an interface to better utilize the benefits of relational database, and improvements to several of the utilities such as directed/labeled graphs and a subgraph search program. The RAG updates presented here augment the database's intended function - stimulating the search for novel RNA functionality - by classifying available motifs, suggesting new motifs for design, and allowing for more specific searches for specific topologies. The updated RAG web resource offers users a graph-based tool for exploring available RNA motifs and suggesting new RNAs for design.
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