A matter of time - How transient transcription factor interactions create dynamic gene regulatory networks.
A matter of time - How transient transcription factor interactions create dynamic gene regulatory networks.
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一个时间问题-瞬时转录因子相互作用如何创建动态基因调控网络。
DOI：
10.1016/j.bbagrm.2016.08.007
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发表时间：
2017-01
影响因子：
4.7
通讯作者：
Coruzzi, Gloria M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Swift, Joseph;Coruzzi, Gloria M.
转录网络的动态重编程使细胞能够适应不断变化的环境。因此，不仅要了解转录因子（TF）调控哪些基因靶点，还要了解何时调控。这篇综述探讨了TF随时间的功能，特别注意在植物中的发现-协调的，全基因组对环境变化的反应对这些固着生物的生存至关重要。我们研究了介导瞬时TF-DNA结合的分子机制，并评估这些快速和动态的相互作用如何转化为基因组的长期时间调节。我们还讨论了目前的分子技术如何捕捉，有时错过，瞬态TF-目标相互作用的基础动态细胞反应。跟踪全基因组随时间的动态转录。(A-B)封闭的染色质可以通过先锋TF结合而变得可接近。(C)通过组蛋白甲基转移酶（HMT）对组蛋白的翻译后修饰可以标记转录激活的位点。在打了就跑的转录模型中，TF可以首先帮助将HMT定位到靶位点，以及（D）激活转录。一旦一个位点被“击中”，打了就跑的复合物可以继续激活其他位点（E），而转录输出由二级TF（TF 2）维持。(F)通过结合不同的基因组技术，可以随时间在全基因组范围内监测复杂的分子动力学。
Dynamic reprogramming of transcriptional networks enables cells to adapt to a changing environment. Thus, it is crucial not only to understand what gene targets are regulated by a transcription factor (TF) but also when. This review explores the way TFs function with respect to time, paying particular attention to discoveries made in plants - where coordinated, genome-wide responses to environmental change is crucial to the survival of these sessile organisms. We investigate the molecular mechanisms that mediate transient TF-DNA binding, and assess how these rapid and dynamic interactions translate to long-term temporal regulation of genomes. We also discuss how current molecular techniques can catch, and sometimes miss, transient TF-target interactions that underlie dynamic cellular responses. Tracking genome-wide dynamic transcription over time. (A–B) Closed chromatin can be rendered accessible through pioneer TF binding. (C) Post translational modification of histones via histone methyltransferases (HMTs) can earmark loci for transcriptional activation. In the hit-and-run transcriptional model, a TF can first assist with localizing HMTs to target sites, and as well as (D) activate transcription. Once a loci has been 'hit', the hit-and-run complex can move on to activate other sites (E) while transcriptional output is maintained by a secondary TF (TF2). (F) Complex molecular dynamics can be monitored genome-wide over time by combining different genomic techniques.
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作者：
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发表时间：
2012-08-07
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作者：
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Ecker, Joseph R.