PCR-free quantification of multiple splice variants in a cancer gene by surface-enhanced Raman spectroscopy.
PCR-free quantification of multiple splice variants in a cancer gene by surface-enhanced Raman spectroscopy.
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DOI：
10.1021/jp908225f
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发表时间：
2009-10-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Irudayaraj J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun L;Irudayaraj J
我们展示了一种基于表面增强拉曼光谱（Sers）的阵列平台，可以在没有扩增步骤的情况下以多重和定量的形式监测癌细胞中的基因表达。采用DNA/RNA杂交、S1核酸酶消化和碱水解的策略，从MCF-7和MDA-MB-231乳腺癌细胞系中获得了针对乳腺癌易感基因1（BRCA 1）的两个剪接变异体Δ（9，10）和Δ（5）的特异性DNA靶标。这两个目标被同时确定，并估计其绝对量的Sers策略，利用固有的等离子体-声子拉曼模式的金纳米粒子探针作为自参考标准，以纠正表面增强的变化。然后通过逆转录PCR（RT-PCR）验证结果。我们提出的方法可以扩展到更高水平的多路复用，用于任何基因的定量基因表达分析，而无需任何扩增步骤。
We demonstrate a surface enhanced Raman spectroscopy (SERS) based array platform to monitor gene expression in cancer cells in a multiplex and quantitative format without amplification steps. A strategy comprising of DNA/RNA hybridization, S1 nuclease digestion, and alkaline hydrolysis was adopted to obtain DNA targets specific to two splice junction variants Δ(9, 10) and Δ(5) of the breast cancer susceptibility gene 1 (BRCA1) from MCF-7 and MDA-MB-231 breast cancer cell lines. These two targets were identified simultaneously and their absolute quantities were estimated by a SERS strategy utilizing the inherent plasmon-phonon Raman mode of gold nanoparticle probes as a self-referencing standard to correct for variability in surface enhancement. Results were then validated by reverse transcription PCR (RT-PCR). Our proposed methodology could be expanded to a higher level of multiplexing for quantitative gene expression analysis of any gene without any amplification steps.
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影响因子：
7.4
作者：
Ni, J;Lipert, RJ;Porter, MD
通讯作者：
Porter, MD
影响因子：
7.4
作者：
Isola, NR;Stokes, DL;Vo-Dinh, T
通讯作者：
Vo-Dinh, T
DOI：
10.1006/bbrc.2000.4068
发表时间：
2001-01-12
影响因子：
3.1
作者：
Orban, TI;Olah, E
通讯作者：
Olah, E
影响因子：
7.4
作者：
Sun, Lan;Yu, Chenxu;Irudayaraj, Joseph
通讯作者：
Irudayaraj, Joseph
影响因子：
4.2
作者：
Faulds, K;Smith, WE;Graham, D
通讯作者：
Graham, D