FMM: a web server for metabolic pathway reconstruction and comparative analysis.
FMM: a web server for metabolic pathway reconstruction and comparative analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkp264
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Huang HD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chou CH;Chang WC;Chiu CM;Huang CC;Huang HD
合成生物学是一个多学科的领域，正在迅速发展。通过模仿来提高对生物系统的理解和产生具有新功能的生物正交系统是这一领域的两个相辅相成的追求。为此，开发了一个名为FMM(从代谢物到代谢物)的网络服务器。FMM主要基于京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库和其他综合生物学数据库，可以重建不同物种之间从一种代谢物到另一种代谢物的代谢途径。为连接不同的KEGG地图提供了新的表示形式。设计了代谢途径的局部和全局图形视图。FMM在合成生物学和代谢工程中有着广泛的应用。例如，在细菌或酵母中重建代谢途径以产生有价值的代谢物或次级代谢物是一种很有前途的药物生产策略。基于FMM途径的比较分析，FMM提供了一种高效的方法来阐明哪些物种的基因应该克隆到这些微生物中。因此，FMM是在合成生物学中应用于生产药物和生物燃料的有效工具。这一新颖和创新的资源现在可以在http://FMM.mbc.nctu.edu.tw/.上免费获得
Synthetic Biology, a multidisciplinary field, is growing rapidly. Improving the understanding of biological systems through mimicry and producing bio-orthogonal systems with new functions are two complementary pursuits in this field. A web server called FMM (From Metabolite to Metabolite) was developed for this purpose. FMM can reconstruct metabolic pathways form one metabolite to another metabolite among different species, based mainly on the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database and other integrated biological databases. Novel presentation for connecting different KEGG maps is newly provided. Both local and global graphical views of the metabolic pathways are designed. FMM has many applications in Synthetic Biology and Metabolic Engineering. For example, the reconstruction of metabolic pathways to produce valuable metabolites or secondary metabolites in bacteria or yeast is a promising strategy for drug production. FMM provides a highly effective way to elucidate the genes from which species should be cloned into those microorganisms based on FMM pathway comparative analysis. Consequently, FMM is an effective tool for applications in synthetic biology to produce both drugs and biofuels. This novel and innovative resource is now freely available at http://FMM.mbc.nctu.edu.tw/.
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影响因子：
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作者：
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