DoRiNA 2.0--upgrading the doRiNA database of RNA interactions in post-transcriptional regulation.
DoRiNA 2.0--upgrading the doRiNA database of RNA interactions in post-transcriptional regulation.
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DOI：
10.1093/nar/gku1180
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Akalin A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blin K;Dieterich C;Wurmus R;Rajewsky N;Landthaler M;Akalin A
动物中几乎所有基因的表达都受到RNA结合蛋白（RBP）和microRNA（miRNA）的转录后调控。RBP和miRNA与mRNA之间的相互作用可以使用过去几年建立的实验和计算技术在全转录组水平上进行映射。RBP和miRNA的组合作用被认为形成转录后调控密码。在这里，我们介绍doRiNA 2.0，可在http://dorina.mdc-berlin.de上获得。在这个高度改进的新版本中，我们完全重新设计了用户界面，并扩展了数据库，以提高网站的可用性。考虑到过去几年的用户反馈，简化了简单搜索和组合搜索功能的输入表格，并将其合并为一个网页，同时显示搜索结果。特别是，自定义上传是doRiNA 2.0中的关键新功能之一。为了将doRiNA纳入第三方分析管道，所有操作都可以通过REST API访问。或者，可以使用Python API查询本地安装。Web应用程序和API都可以在OSI批准的开源许可证下使用，该许可证允许研究和商业访问和重用。
The expression of almost all genes in animals is subject to post-transcriptional regulation by RNA binding proteins (RBPs) and microRNAs (miRNAs). The interactions between both RBPs and miRNAs with mRNA can be mapped on a whole-transcriptome level using experimental and computational techniques established in the past years. The combined action of RBPs and miRNAs is thought to form a post-transcriptional regulatory code. Here we present doRiNA 2.0, available at http://dorina.mdc-berlin.de. In this highly improved new version, we have completely reworked the user interface and expanded the database to improve the usability of the website. Taking into account user feedback over the past years, the input forms for both the simple and the combinatorial search function have been streamlined and combined into a single web page that will also display the search results. Especially, custom uploads is one of the key new features in doRiNA 2.0. To enable the inclusion of doRiNA into third-party analysis pipelines, all operations are accessible via a REST API. Alternatively, local installations can be queried using a Python API. Both the web application and the APIs are available under an OSI-approved Open Source license that allows research and commercial access and re-use.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
影响因子：
14.9
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
通讯作者：
Yang JH
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt495
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Agostini F;Zanzoni A;Klus P;Marchese D;Cirillo D;Tartaglia GG
通讯作者：
Tartaglia GG
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T