catRAPID omics: a web server for large-scale prediction of protein-RNA interactions.
catRAPID omics: a web server for large-scale prediction of protein-RNA interactions.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt495
复制
发表时间：
2013-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tartaglia GG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Agostini F;Zanzoni A;Klus P;Marchese D;Cirillo D;Tartaglia GG
摘要：在这里，我们介绍catRAPID组学，一个大规模计算蛋白质- rna相互作用的服务器。我们的web服务器允许(i)蛋白质组学和转录组学水平的预测；（ii）使用无大小限制的蛋白质和RNA序列；（iii）蛋白质核酸结合区分析；（iv）检测参与蛋白质识别的RNA基序。结果：我们开发了一个web服务器，可以快速计算秀丽隐杆线虫、猕猴、黑腹果蝇、智人、小家鼠、褐家鼠、酿酒酵母和热带爪蟾的核糖核蛋白关联（也可以生成定制库）。catRAPID组学以最近发表的富含丝氨酸/精氨酸剪接因子1 （SRSF1）、组氨酸-赖氨酸n -甲基转移酶EZH2 （EZH2）、TAR dna结合蛋白43 （TDP43）和RNA结合蛋白FUS （FUS）的RNA相互作用组为标准，以及U1/U2小核仁RNA、X非活性特异性转录物（Xist）重复A区（RepA）和碎屑同源物3 (CRB3) 3 ' -非翻译区RNA的蛋白质相互作用组为标准。我们的预测是高度显著的（P < 0.05），将有助于实验者确定候选进一步验证。可用性：catRAPID组学可以在http://s.tartaglialab.com/catrapid/omics网站上免费获取。文档、教程和常见问题解答可在http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group找到。联系人:gian.tartaglia@crg.eu
Summary: Here we introduce catRAPID omics, a server for large-scale calculations of protein–RNA interactions. Our web server allows (i) predictions at proteomic and transcriptomic level; (ii) use of protein and RNA sequences without size restriction; (iii) analysis of nucleic acid binding regions in proteins; and (iv) detection of RNA motifs involved in protein recognition. Results: We developed a web server to allow fast calculation of ribonucleoprotein associations in Caenorhabditis elegans, Danio rerio, Drosophila melanogaster, Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Saccharomyces cerevisiae and Xenopus tropicalis (custom libraries can be also generated). The catRAPID omics was benchmarked on the recently published RNA interactomes of Serine/arginine-rich splicing factor 1 (SRSF1), Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 (EZH2), TAR DNA-binding protein 43 (TDP43) and RNA-binding protein FUS (FUS) as well as on the protein interactomes of U1/U2 small nucleolar RNAs, X inactive specific transcript (Xist) repeat A region (RepA) and Crumbs homolog 3 (CRB3) 3′-untranslated region RNAs. Our predictions are highly significant (P < 0.05) and will help the experimentalist to identify candidates for further validation. Availability: catRAPID omics can be freely accessed on the Web at http://s.tartaglialab.com/catrapid/omics. Documentation, tutorial and FAQs are available at http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group. Contact: gian.tartaglia@crg.eu
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Agostini F;Cirillo D;Bolognesi B;Tartaglia GG
通讯作者：
Tartaglia GG
仅使用序列信息预测RNA - 蛋白质相互作用。
影响因子：
3
作者：
Muppirala UK;Honavar VG;Dobbs D
通讯作者：
Dobbs D
影响因子：
14.9
作者：
Cook KB;Kazan H;Zuberi K;Morris Q;Hughes TR
通讯作者：
Hughes TR
影响因子：
14.9
作者：
Zanzoni A;Marchese D;Agostini F;Bolognesi B;Cirillo D;Botta-Orfila M;Livi CM;Rodriguez-Mulero S;Tartaglia GG
通讯作者：
Tartaglia GG
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--