Allele-specific expression reveals interactions between genetic variation and environment.
Allele-specific expression reveals interactions between genetic variation and environment.
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DOI：
10.1038/nmeth.4298
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发表时间：
2017-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Battle A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Knowles DA;Davis JR;Edgington H;Raj A;Favé MJ;Zhu X;Potash JB;Weissman MM;Shi J;Levinson DF;Awadalla P;Mostafavi S;Montgomery SB;Battle A
确定遗传与环境之间的相互作用（GxE）仍然具有挑战性。我们已经开发了EAGLE，一个分层贝叶斯模型，用于识别GXE相互作用的基础上，环境和等位基因特异性表达（ASE）之间的关联。结合从922名人类个体中收集的全血RNA测序和广泛的环境注释，我们确定了35种GxE相互作用，而使用标准GxE测试只有4种。EAGLE提供了新的机会，以确定GxE相互作用的功能基因组数据。
Identifying interactions between genetics and the environment (GxE) remains challenging. We have developed EAGLE, a hierarchical Bayesian model for identifying GxE interactions based on association between environment and allele-specific expression (ASE). Combining RNA-sequencing of whole blood and extensive environmental annotations collected from 922 human individuals, we identified 35 GxE interactions, compared to only four using standard GxE testing. EAGLE provides new opportunities to identify GxE interactions using functional genomic data.
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