Pathview Web: user friendly pathway visualization and data integration.
Pathview Web: user friendly pathway visualization and data integration.
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PathView Web：用户友好的路径可视化和数据集成。
DOI：
10.1093/nar/gkx372
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brouwer C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo W;Pant G;Bhavnasi YK;Blanchard SG Jr;Brouwer C
通路分析在组学研究中应用广泛。基于路径的数据集成和可视化是分析的关键组成部分。为了满足这一需求，我们最近开发了一个名为Pathview的新R包。Pathview将大量生物数据映射、整合并呈现到分子通路图上。在这里，我们开发了Pathview Web服务器，使所有科学家都可以访问路径可视化和数据集成，包括那些没有特殊计算技能或资源的科学家。Pathview Web具有直观的图形Web界面和以用户为中心的设计。该服务器不仅扩展了Pathview的核心功能，还提供了许多离线R包中没有的有用功能。重要的是，该服务器为多组学数据的常规和综合途径分析提供了全面的工作流程。此外，服务器还提供了一个RESTful API，用于编程访问和方便地集成到第三方软件或工作流中。Pathview Web可在https://pathview.uncc.edu/上公开免费访问。
Pathway analysis is widely used in omics studies. Pathway-based data integration and visualization is a critical component of the analysis. To address this need, we recently developed a novel R package called Pathview. Pathview maps, integrates and renders a large variety of biological data onto molecular pathway graphs. Here we developed the Pathview Web server, as to make pathway visualization and data integration accessible to all scientists, including those without the special computing skills or resources. Pathview Web features an intuitive graphical web interface and a user centered design. The server not only expands the core functions of Pathview, but also provides many useful features not available in the offline R package. Importantly, the server presents a comprehensive workflow for both regular and integrated pathway analysis of multiple omics data. In addition, the server also provides a RESTful API for programmatic access and conveniently integration in third-party software or workflows. Pathview Web is openly and freely accessible at https://pathview.uncc.edu/.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
影响因子：
14.9
作者：
Hu Z;Chang YC;Wang Y;Huang CL;Liu Y;Tian F;Granger B;Delisi C
通讯作者：
Delisi C
影响因子：
4.3
作者：
Kutmon M;van Iersel MP;Bohler A;Kelder T;Nunes N;Pico AR;Evelo CT
通讯作者：
Evelo CT
影响因子：
4.3
作者：
King ZA;Dräger A;Ebrahim A;Sonnenschein N;Lewis NE;Palsson BO
通讯作者：
Palsson BO
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T