Genome sequence and Carbohydrate Active Enzymes (CAZymes) repertoire of the thermophilic Caldicoprobacter algeriensis TH7C1(T).
Genome sequence and Carbohydrate Active Enzymes (CAZymes) repertoire of the thermophilic Caldicoprobacter algeriensis TH7C1(T).
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DOI：
10.1186/s12934-022-01818-0
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发表时间：
2022-05-21
影响因子：
6.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
组学方法广泛应用于生物学领域，用于发现潜在的 CAZymes，包括全基因组测序。本研究的目的是鉴定包括 CAZymes 在内的蛋白质编码基因，以了解嗜热阿尔及利亚热杆菌 TH7C1T 菌株中的聚糖降解机制。阿尔及利亚热杆菌 TH7C1T 是一种嗜热厌氧细菌，属于厚壁菌门，生长温度为 55 °C 至 75 °C。使用 Illumina 技术对阿尔及利亚念珠菌菌株进行新一代测序，产生 45 个重叠群，平均 GC 含量为 44.9%，总长度为 2,535,023 bp。基因组注释揭示了 2425 个蛋白质编码基因，其中 97 个 ORF 编码 CAZymes。发现许多糖苷水解酶、碳水化合物酯酶和糖基转移酶基因与编码寡糖转运蛋白和转录调节因子的基因有关；表明 CAZyme 编码基因被组织成参与多糖降解和运输的簇。对阿尔及利亚念珠菌基因组中 CAZomes 含量的深入分析揭示了 33 个 CAZyme 基因簇，揭示了针对特定底物的新酶组合。这项研究是第一个针对阿尔及利亚 C. algeriensis 的 CAZymes 库的研究，它为已识别的酶在植物生物质降解及其生物技术应用方面的巨大潜力提供了见解。在线版本包含可在 10.1186/s12934-022-01818-0 获取的补充材料。
Omics approaches are widely applied in the field of biology for the discovery of potential CAZymes including whole genome sequencing. The aim of this study was to identify protein encoding genes including CAZymes in order to understand glycans-degrading machinery in the thermophilic Caldicoprobacter algeriensis TH7C1T strain. Caldicoprobacter algeriensis TH7C1T is a thermophilic anaerobic bacterium belonging to the Firmicutes phylum, which grows between the temperatures of 55 °C and 75 °C. Next generation sequencing using Illumina technology was performed on the C. algeriensis strain resulting in 45 contigs with an average GC content of 44.9% and a total length of 2,535,023 bp. Genome annotation reveals 2425 protein-coding genes with 97 ORFs coding CAZymes. Many glycoside hydrolases, carbohydrate esterases and glycosyltransferases genes were found linked to genes encoding oligosaccharide transporters and transcriptional regulators; suggesting that CAZyme encoding genes are organized in clusters involved in polysaccharides degradation and transport. In depth analysis of CAZomes content in C. algeriensis genome unveiled 33 CAZyme gene clusters uncovering new enzyme combinations targeting specific substrates. This study is the first targeting CAZymes repertoire of C. algeriensis, it provides insight to the high potential of identified enzymes for plant biomass degradation and their biotechnological applications. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12934-022-01818-0.
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Couvin D;Bernheim A;Toffano-Nioche C;Touchon M;Michalik J;Néron B;Rocha EPC;Vergnaud G;Gautheret D;Pourcel C
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Pourcel C
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