MGAviewer: a desktop visualization tool for analysis of metagenomics alignment data.
MGAviewer: a desktop visualization tool for analysis of metagenomics alignment data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts567
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发表时间：
2013-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Li W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu Z;Niu B;Chen J;Wu S;Sun S;Li W
摘要：许多宏基因组学项目已经产生了大量的测序数据。将这些序列与参考基因组进行比对是宏基因组学研究中必不可少的分析。大规模的线形数据需要直观高效的可视化工具。然而，目前的工具，如各种基因组浏览器是高度专业化的处理种内映射结果。它们不适用于宏基因组学中的比对数据，宏基因组学通常是物种间比对。我们已经开发了一个基于Web浏览器的桌面应用程序，用于交互式可视化宏基因组序列的比对数据。该查看器易于在所有具有现代Web浏览器的计算机系统上使用，并且不需要安装软件。 可用性：http://weizhongli-lab.org/mgaviewer 联系人：liwz@sdsc.edu
Summary: Numerous metagenomics projects have produced tremendous amounts of sequencing data. Aligning these sequences to reference genomes is an essential analysis in metagenomics studies. Large-scale alignment data call for intuitive and efficient visualization tool. However, current tools such as various genome browsers are highly specialized to handle intraspecies mapping results. They are not suitable for alignment data in metagenomics, which are often interspecies alignments. We have developed a web browser-based desktop application for interactively visualizing alignment data of metagenomic sequences. This viewer is easy to use on all computer systems with modern web browsers and requires no software installation. Availability: http://weizhongli-lab.org/mgaviewer Contact: liwz@sdsc.edu
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Dreszer TR;Karolchik D;Zweig AS;Hinrichs AS;Raney BJ;Kuhn RM;Meyer LR;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Harte RA;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;James Kent W
通讯作者：
James Kent W
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp472
发表时间：
2009-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nicol JW;Helt GA;Blanchard SG Jr;Raja A;Loraine AE
通讯作者：
Loraine AE
影响因子：
7
作者：
Skinner, Mitchell E.;Uzilov, Andrew V.;Holmes, Ian H.
通讯作者：
Holmes, Ian H.
影响因子：
9.8
作者：
Rusch DB;Halpern AL;Sutton G;Heidelberg KB;Williamson S;Yooseph S;Wu D;Eisen JA;Hoffman JM;Remington K;Beeson K;Tran B;Smith H;Baden-Tillson H;Stewart C;Thorpe J;Freeman J;Andrews-Pfannkoch C;Venter JE;Li K;Kravitz S;Heidelberg JF;Utterback T;Rogers YH;Falcón LI;Souza V;Bonilla-Rosso G;Eguiarte LE;Karl DM;Sathyendranath S;Platt T;Bermingham E;Gallardo V;Tamayo-Castillo G;Ferrari MR;Strausberg RL;Nealson K;Friedman R;Frazier M;Venter JC
通讯作者：
Venter JC