MosaicSolver: a tool for determining recombinants of viral genomes from pileup data.
MosaicSolver: a tool for determining recombinants of viral genomes from pileup data.
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DOI：
10.1093/nar/gku524
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发表时间：
2014
影响因子：
14.9
通讯作者：
Burroughs N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wood GR;Ryabov EV;Fannon JM;Moore JD;Evans DJ;Burroughs N
病毒重组是一种关键的进化机制，有助于逃避宿主免疫，有助于改变向性，并可能有助于跨物种障碍的传播。因此，确定重组是否已经发生以及定位相关的特异性重组连接的能力对于理解新出现的疾病和发病机制是非常重要的。本文描述了一种方法，用于确定重组嵌合体（和它们的比例）起源于两个父母的基因组，使用高通量的序列数据。该方法涉及几何设置的问题和使用适当的约束二次规划。蜜蜂变形翼病毒和狄斯瓦螨病毒-1的复制物被推断为从siRNA和读取采样病毒基因组群体（cDNA文库）来说明该方法;我们的结果通过实验得到证实。Matlab软件（MosaicSolver）可用。
Viral recombination is a key evolutionary mechanism, aiding escape from host immunity, contributing to changes in tropism and possibly assisting transmission across species barriers. The ability to determine whether recombination has occurred and to locate associated specific recombination junctions is thus of major importance in understanding emerging diseases and pathogenesis. This paper describes a method for determining recombinant mosaics (and their proportions) originating from two parent genomes, using high-throughput sequence data. The method involves setting the problem geometrically and the use of appropriately constrained quadratic programming. Recombinants of the honeybee deformed wing virus and the Varroa destructor virus-1 are inferred to illustrate the method from both siRNAs and reads sampling the viral genome population (cDNA library); our results are confirmed experimentally. Matlab software (MosaicSolver) is available.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
6.7
作者：
Ryabov EV;Wood GR;Fannon JM;Moore JD;Bull JC;Chandler D;Mead A;Burroughs N;Evans DJ
通讯作者：
Evans DJ
影响因子：
3.4
作者：
de Miranda, J. R.;Fries, I.
通讯作者：
Fries, I.
影响因子：
3.8
作者：
Lukashev, AN;Lashkevich, VA;Ilonen, J
通讯作者：
Ilonen, J
影响因子：
3.8
作者：
Pasick, J;Handel, K;Czub, S
通讯作者：
Czub, S