Systematic profiling of early regulators during tissue regeneration using zebrafish model
Systematic profiling of early regulators during tissue regeneration using zebrafish model
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使用斑马鱼模型系统分析组织再生过程中的早期调节因子
DOI：
10.1111/wrr.12852
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发表时间：
2020-08
影响因子：
2.9
通讯作者：
Liu Dong
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi Linsheng;Chen Changsheng;Yin Zhenhua;Wei Guanyun;Xie Gangcai;Liu Dong
对组织再生过程的认识已经取得了很大进展。然而，在再生研究的中心问题之一仍然有待破译的是什么因素启动再生过程。在本研究中，我们专注于通过高通量筛选斑马鱼尾鳍模型组织再生早期调控因子的系统分析。首先，根据转录组学分析鉴定了53个GO注释的再生相关基因，这些基因在鳍切断后特异性激活。此外，从上述基因列表中随机选择的几个基因的qRT-PCR分析验证了我们的测序结果。这些研究证实了转录组测序分析的可靠性。成纤维细胞生长因子20 a（fgf 20 a）是斑马鱼再生的关键起始因子。通过基因表达相关性分析，我们发现了70个与fgf 20 a相关的基因，其表达在截肢后2天（dpa）迅速增加，并下降到基础水平，直到鳍再生完成。另外，我们还选择了socs 3b和nppc两个基因来研究它们在鳍再生过程中的功能。抑制这两种基因中的任何一种都会显著延迟再生过程。综上所述，我们提供了一个简单有效的节省时间的策略，可以作为一种工具，用于识别再生的早期调节因子，并确定了71个基因作为鳍再生的早期调节因子。
Great progresses have been made in comprehension of tissue regeneration process. However, one of the central questions in regeneration research remains to be deciphered is what factors initiate regenerative process. In present study, we focused on systematic profiling of early regulators in tissue regeneration via high‐throughput screening on zebrafish caudal fin model. Firstly, 53 GO‐annotated regeneration‐related genes, which were specifically activated upon fin amputation, were identified according to the transcriptomic analysis. Moreover, qRT‐PCR analysis of a couple of randomly selected genes from the aforementioned gene list validated our sequencing results. These studies confirmed the reliability of transcriptome sequencing analysis. Fibroblast growth factor 20a (fgf20a) is a key initial factor in the regeneration of zebrafish. Through a gene expression correlation analysis, we discovered a collection of 70 genes correlating with fgf20a, whose expression increased promptly at 2 days post amputation (dpa) and went down to the basal level until the completion of fin regeneration. In addition, two genes, socs3b and nppc, were chosen to investigate their functions during the fin regeneration. Inhibition of either of those genes significantly delayed the regenerative process. Taken together, we provided a simple and effective time‐saving strategy that may serve as a tool for identifying early regulators in regeneration and identified 71 genes as early regulators of fin regeneration.
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影响因子：
56.9
作者：
Whitehead, GG;Makino, S;Keating, MT
通讯作者：
Keating, MT
影响因子：
56.9
作者：
Poss, KD;Wilson, LG;Keating, MT
通讯作者：
Keating, MT
影响因子：
4.6
作者：
Krueger, Janna;Liu, Dong;le Noble, Ferdinand
通讯作者：
le Noble, Ferdinand
了解动物的组织再生能力和机制的进步。
DOI：
10.1038/nrg2879
发表时间：
2010-10
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
11.8
作者：
U. Strähle;R. Schmidt
通讯作者：
U. Strähle;R. Schmidt