The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.
The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota.
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DOI：
10.1093/nar/gkab353
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发表时间：
2021-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Medema MH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pascal Andreu V;Roel-Touris J;Dodd D;Fischbach MA;Medema MH
来自人类微生物组的厌氧菌产生一系列高浓度的分子，这些分子可以直接或间接地影响宿主。这些分子的产生主要来源于它们的初级代谢，通常编码在代谢基因簇（MGCs）中。然而，尽管微生物组衍生的初级代谢物很重要，但目前还没有工具来预测产生这些代谢物的基因簇。出于这个原因，我们最近推出了gutSMASH。gutSMASH可以预测41种不同的已知途径，包括与生物能量学有关的MGCs，但也可能是新途径发现的候选者。为了使该工具更加用户友好和可访问，我们在这里提供gutSMASH web服务器，托管在https://gutsmash.bioinformatics.nl/。用户可以输入GenBank组装码，也可以上传FASTA或GenBank格式的基因组文件。用户还可以选择启用其他分析，以进一步了解预测的MGCs。交互式HTML输出（可在线查看或离线下载使用）提供了一种用户友好的方式来浏览功能基因注释和与参考基因簇以及其他基因组中预测的基因簇的序列比较。因此，这个web服务器为社区提供了一个简化和用户友好的界面来分析肠道微生物群的代谢潜力。用于鉴定主要代谢基因簇的gutSMASH管道概述。
Anaerobic bacteria from the human microbiome produce a wide array of molecules at high concentrations that can directly or indirectly affect the host. The production of these molecules, mostly derived from their primary metabolism, is frequently encoded in metabolic gene clusters (MGCs). However, despite the importance of microbiome-derived primary metabolites, no tool existed to predict the gene clusters responsible for their production. For this reason, we recently introduced gutSMASH. gutSMASH can predict 41 different known pathways, including MGCs involved in bioenergetics, but also putative ones that are candidates for novel pathway discovery. To make the tool more user-friendly and accessible, we here present the gutSMASH web server, hosted at https://gutsmash.bioinformatics.nl/. The user can either input the GenBank assembly accession or upload a genome file in FASTA or GenBank format. Optionally, the user can enable additional analyses to obtain further insights into the predicted MGCs. An interactive HTML output (viewable online or downloadable for offline use) provides a user-friendly way to browse functional gene annotations and sequence comparisons with reference gene clusters as well as gene clusters predicted in other genomes. Thus, this web server provides the community with a streamlined and user-friendly interface to analyze the metabolic potential of gut microbiomes. Overview of the gutSMASH pipeline for identification of primary metabolic gene clusters.
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