Review of databases for experimentally validated human microRNA-mRNA interactions.
Review of databases for experimentally validated human microRNA-mRNA interactions.
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DOI：
10.1093/database/baad014
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发表时间：
2023-04-25
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微小RNA（miRs）可能通过影响基因表达而对疾病病因做出贡献。有许多数据库可用于miR靶点预测和验证，但它们的功能各不相同，输出也没有标准化。本综述的目的是识别和描述用于编目经验证的miR靶点的数据库。使用Tools 4 miRs和PubMed，我们确定了具有实验验证的靶点、人类数据和关注miR-信使RNA（mRNA）相互作用的数据库。提取数据的次数，每个数据库被引用，miR的数量，靶基因，每个数据库的相互作用，实验方法和每个数据库的关键特征。检索得到10个数据库，按引用次数从多到少的顺序依次为：miRTarBase、starBase/The Encyclopedia of RNA Interactomes、DIANA-TarBase、miRWalk、miRecords、miRGator、miRSystem、miRGate、miRSel和targetHub。该综述的结果表明，可以通过添加功能来增强miR靶标验证数据库中提供的信息，例如以多种方式执行查询的灵活性，可下载数据，持续更新和集成工具以进一步进行miR-mRNA靶标相互作用分析。这篇综述旨在帮助研究人员，特别是那些新的miR生物信息学工具，在数据库的选择，并提供考虑未来的开发和维护的验证工具。 数据库URL http://mirtarbase.cuhk.edu.cn/
MicroRNAs (miRs) may contribute to disease etiology by influencing gene expression. Numerous databases are available for miR target prediction and validation, but their functionality is varied, and outputs are not standardized. The purpose of this review is to identify and describe databases for cataloging validated miR targets. Using Tools4miRs and PubMed, we identified databases with experimentally validated targets, human data, and a focus on miR–messenger RNA (mRNA) interactions. Data were extracted about the number of times each database was cited, the number of miRs, the target genes, the interactions per database, experimental methodology and key features of each database. The search yielded 10 databases, which in order of most cited to least were: miRTarBase, starBase/The Encyclopedia of RNA Interactomes, DIANA-TarBase, miRWalk, miRecords, miRGator, miRSystem, miRGate, miRSel and targetHub. Findings from this review suggest that the information presented within miR target validation databases can be enhanced by adding features such as flexibility in performing queries in multiple ways, downloadable data, ongoing updates and integrating tools for further miR–mRNA target interaction analysis. This review is designed to aid researchers, especially those new to miR bioinformatics tools, in database selection and to offer considerations for future development and upkeep of validation tools. Database URL http://mirtarbase.cuhk.edu.cn/
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