Next-generation sequencing: A new avenue to understand viral RNA-protein interactions.
Next-generation sequencing: A new avenue to understand viral RNA-protein interactions.
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DOI：
10.1016/j.jbc.2022.101924
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发表时间：
2022-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Routh AL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou Y;Sotcheff SL;Routh AL
RNA病毒的基因组提供了一个惊人的序列和结构多样性来源。从细胞内RNA-宿主接口到RNA基因组与病毒颗粒自身结构蛋白之间的相互作用，几乎整个病毒生命周期都伴随着无数的RNA-蛋白质相互作用，这些相互作用是实现其复制潜力所必需的。因此，重要的是表征这种丰富和动态的病毒RNA-蛋白质相互作用集合，以了解病毒的进化及其对宿主和环境的适应。新一代测序技术的最新进展使得对病毒RNA-蛋白质相互作用的表征成为可能，包括瞬时相互作用和保守相互作用，而分子和结构方法在这方面还不够。在这篇综述中，我们将提供用于研究病毒RNA-蛋白质相互作用的高通量技术的方法学概述，它们的生化机制，以及它们是如何从经典方法进化而来的。我们将讨论不同的技术如何推动病毒研究，以表征病毒RNA和蛋白质如何在局部和全球范围内相互作用。最后，我们将举例说明这些技术如何影响HIV-1和SARS-CoV-2等临床重要病原体的研究。
The genomes of RNA viruses present an astonishing source of both sequence and structural diversity. From intracellular viral RNA-host interfaces to interactions between the RNA genome and structural proteins in virus particles themselves, almost the entire viral lifecycle is accompanied by a myriad of RNA–protein interactions that are required to fulfill their replicative potential. It is therefore important to characterize such rich and dynamic collections of viral RNA–protein interactions to understand virus evolution and their adaptation to their hosts and environment. Recent advances in next-generation sequencing technologies have allowed the characterization of viral RNA–protein interactions, including both transient and conserved interactions, where molecular and structural approaches have fallen short. In this review, we will provide a methodological overview of the high-throughput techniques used to study viral RNA–protein interactions, their biochemical mechanisms, and how they evolved from classical methods as well as one another. We will discuss how different techniques have fueled virus research to characterize how viral RNA and proteins interact, both locally and on a global scale. Finally, we will present examples on how these techniques influence the studies of clinically important pathogens such as HIV-1 and SARS-CoV-2.
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DOI：
10.1002/wdev.392
发表时间：
2021-01
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. Developmental biology
影响因子：
--
作者：
Bosch JA;Chen CL;Perrimon N
通讯作者：
Perrimon N
影响因子：
16.6
作者：
Bohn JA;Thummar K;York A;Raymond A;Brown WC;Bieniasz PD;Hatziioannou T;Smith JL
通讯作者：
Smith JL
DOI：
10.1002/wdev.272
发表时间：
2017-07
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. Developmental biology
影响因子：
--
作者：
Chen CL;Perrimon N
通讯作者：
Perrimon N
影响因子：
14.9
作者：
Ariza-Mateos, Ascension;Prieto-Vega, Samuel;Gomez, Jordi
通讯作者：
Gomez, Jordi
影响因子：
16.6
作者：
Brown, Rebecca S.;Anastasakis, Dimitrios G.;Kielian, Margaret
通讯作者：
Kielian, Margaret