RASP: an atlas of transcriptome-wide RNA secondary structure probing data.
RASP: an atlas of transcriptome-wide RNA secondary structure probing data.
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RASP：全转录组 RNA 二级结构探测数据图集
DOI：
10.1093/nar/gkaa880
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang QC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li P;Zhou X;Xu K;Zhang QC
摘要 RNA 分子折叠成复杂的结构，这在许多生物过程中都很重要。最近的技术发展使得使用核酸酶和化学修饰剂在转录组范围内探测 RNA 二级结构成为可能。这些方法已在许多研究中广泛应用于捕获 RNA 二级结构，但以全面且易于理解的方式从非常不同的技术收集和呈现此类数据一直具有挑战性。现有的 RNA 结构探测数据库通常侧重于低通量或非常具体的数据集。在这里，我们通过从 38 篇论文中收集了 161 个经过重复数据删除的全转录组 RNA 二级结构探测数据集，提出了一个名为 RASP（RNA Atlas of Structure Probing）的综合 RNA 结构探测数据库。 RASP 涵盖动物、植物、细菌、真菌和病毒等 18 个物种，并对包括 DMS-seq、SHAPE-Seq、SHAPE-MaP 和 icSHAPE 等 18 种实验方法进行了分类。特别是，RASP 整理了针对 SARS-CoV-2（引起当前 COVID-19 大流行的 RNA 病毒）RNA 基因组的多项 RNA 二级结构探测研究的最新数据集。 RASP 还提供了一个用户友好的界面来查询、浏览和可视化 RNA 结构图谱，提供了访问基于实验数据的 RNA 二级结构的快捷方式。该数据库可从 http://rasp.zhanglab.net 免费获取。
Abstract RNA molecules fold into complex structures that are important across many biological processes. Recent technological developments have enabled transcriptome-wide probing of RNA secondary structure using nucleases and chemical modifiers. These approaches have been widely applied to capture RNA secondary structure in many studies, but gathering and presenting such data from very different technologies in a comprehensive and accessible way has been challenging. Existing RNA structure probing databases usually focus on low-throughput or very specific datasets. Here, we present a comprehensive RNA structure probing database called RASP (RNA Atlas of Structure Probing) by collecting 161 deduplicated transcriptome-wide RNA secondary structure probing datasets from 38 papers. RASP covers 18 species across animals, plants, bacteria, fungi, and also viruses, and categorizes 18 experimental methods including DMS-seq, SHAPE-Seq, SHAPE-MaP, and icSHAPE, etc. Specially, RASP curates the up-to-date datasets of several RNA secondary structure probing studies for the RNA genome of SARS-CoV-2, the RNA virus that caused the on-going COVID-19 pandemic. RASP also provides a user-friendly interface to query, browse, and visualize RNA structure profiles, offering a shortcut to accessing RNA secondary structures grounded in experimental data. The database is freely available at http://rasp.zhanglab.net.
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影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.8
作者：
Kubota, Miles;Tran, Catherine;Spitale, Robert C.
通讯作者：
Spitale, Robert C.
影响因子：
30.3
作者：
Pijlman, Gorben P.;Funk, Anneke;Khromykh, Alexander A.
通讯作者：
Khromykh, Alexander A.
预测单链 RNA 二级结构的快速算法
DOI：
10.1073/pnas.77.11.6309
发表时间：
1980-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
NUSSINOV, R;JACOBSON, AB
通讯作者：
JACOBSON, AB