SABIO-RK--database for biochemical reaction kinetics.
SABIO-RK--database for biochemical reaction kinetics.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1046
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Müller W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wittig U;Kania R;Golebiewski M;Rey M;Shi L;Jong L;Algaa E;Weidemann A;Sauer-Danzwith H;Mir S;Krebs O;Bittkowski M;Wetsch E;Rojas I;Müller W
SABIO-RK（http：//sabio.h-its.org/）是一个可通过网络访问的数据库，储存了有关生化反应及其动力学特性的综合信息。SABIO-RK提供从文献中手动提取的标准化数据和从实验室实验中直接提交的数据。数据库内容包括与生化反应及其生物来源有关的动力学参数，对任何特定的生物体没有限制。此外，动力学速率定律和相应的方程，以及实验条件。所有数据都由生物专家手动管理和注释，并得到自动一致性检查的支持。SABIO-RK可以通过基于Web的用户界面访问，也可以通过允许其他工具直接访问数据的Web服务自动访问。这两个接口都支持数据及其SBML（系统生物学标记语言）注释的导出，例如用于导入建模工具。
SABIO-RK (http://sabio.h-its.org/) is a web-accessible database storing comprehensive information about biochemical reactions and their kinetic properties. SABIO-RK offers standardized data manually extracted from the literature and data directly submitted from lab experiments. The database content includes kinetic parameters in relation to biochemical reactions and their biological sources with no restriction on any particular set of organisms. Additionally, kinetic rate laws and corresponding equations as well as experimental conditions are represented. All the data are manually curated and annotated by biological experts, supported by automated consistency checks. SABIO-RK can be accessed via web-based user interfaces or automatically via web services that allow direct data access by other tools. Both interfaces support the export of the data together with its annotations in SBML (Systems Biology Markup Language), e.g. for import in modelling tools.
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