Identification of active regulatory regions from DNA methylation data.
Identification of active regulatory regions from DNA methylation data.
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DOI：
10.1093/nar/gkt599
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发表时间：
2013-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stadler MB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burger L;Gaidatzis D;Schübeler D;Stadler MB
我们最近表明，转录因子结合导致DNA甲基化的确定减少，允许从高分辨率甲基化组中识别活性调控区域。在这里，我们提出了MethylSeekR，一种计算工具，可以从亚硫酸氢盐测序数据中准确识别这种足迹。将我们的方法应用于大量已发表的人类甲基化组，我们证明了其广泛的适用性，并将我们以前的研究结果从神经元分化系统推广到许多细胞类型和组织。MethylSeekR作为R包可在www.bioconder.org上获得。
We have recently shown that transcription factor binding leads to defined reduction in DNA methylation, allowing for the identification of active regulatory regions from high-resolution methylomes. Here, we present MethylSeekR, a computational tool to accurately identify such footprints from bisulfite-sequencing data. Applying our method to a large number of published human methylomes, we demonstrate its broad applicability and generalize our previous findings from a neuronal differentiation system to many cell types and tissues. MethylSeekR is available as an R package at www.bioconductor.org.
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影响因子：
56.9
作者：
SCOTT, EW;SIMON, MC;SINGH, H
通讯作者：
SINGH, H
影响因子：
12.3
作者：
Liu Y;Siegmund KD;Laird PW;Berman BP
通讯作者：
Berman BP
影响因子：
5.3
作者：
COOPER, DN;KRAWCZAK, M
通讯作者：
KRAWCZAK, M
影响因子：
64.8
作者：
Shen, Yin;Yue, Feng;McCleary, David F.;Ye, Zhen;Edsall, Lee;Kuan, Samantha;Wagner, Ulrich;Dixon, Jesse;Lee, Leonard;Lobanenkov, Victor V.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
14.9
作者：
Meyer LR;Zweig AS;Hinrichs AS;Karolchik D;Kuhn RM;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Raney BJ;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Lee BT;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Heitner S;Harte RA;Haeussler M;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Dreszer TR;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ