A SCAR marker specific for rapid detection of the avirulence gene Avr1c in Phytophthora sojae
A SCAR marker specific for rapid detection of the avirulence gene Avr1c in Phytophthora sojae
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快速检测大豆疫霉无毒基因Avr1c的SCAR标记
DOI：
10.1007/s10327-014-0530-6
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发表时间：
2014-05
影响因子：
1.2
通讯作者：
Miao Tian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jingzhi Wen;Qiuming Chen;Long Sun;Liming Zhao;Bing Suo;Miao Tian
以大豆茎根腐病病原菌Phytophthora sojae菌株pRx（Avr 1c-Avr 1c）和ps1（avr 1c-avr 1c）杂交F2群体为材料，研究了Rps 1c基因在大豆中无毒的遗传基础。结果表明，这种无毒性是显性的，由一个单一的位点控制，作为一个简单的基因对基因模型的预期。Avr 1c在该杂交的F2后代中的分离符合3：1的比例。80个AFLP引物中有4个能有效区分pRx和ps1。在5个特异性标记中，C带是用引物EGC/MAT从无毒pRx中扩增出来的，然后回收并克隆。通过测序、引物设计和对无毒pRx DNA的特异性扩增，成功地将该AFLP标记转化为SCAR标记。对50个F2代个体和50个大豆疫霉田间分离物的有效性和特异性试验结果表明，该SCAR标记（616 bp）可从含有Avr 1c基因的大豆疫霉分离物中成功特异扩增。
The F2 population derived from a cross between isolates pRx (Avr1c-Avr1c) and ps1 (avr1c-avr1c) of Phytophthora sojae, fungal agent of soybean stem and root rot, was used to determine the genetic basis of avirulence towards Rps1c gene in soybean. The results indicated that this avirulence is dominant and controlled by a single locus, as expected for a simple gene-for-gene model. Segregation of Avr1c in the F2 progeny of this cross fits a 3:1 ratio. Four of 80 AFLP primers effectively distinguished the avirulent pRx from the virulent ps1. Among the 5 specific markers, band C was amplified from the avirulent pRx by primer set EGC/MAT, then recovered and cloned. This AFLP marker was successfully transfered to a SCAR marker through sequencing, primer design and specific amplication of the DNA of the avirulent pRx. Results of validity and specificity experiments with 50 individuals of the F2 progeny and 50 field isolates demonstrated that this SCAR marker (a 616-bp fragment) can be successfully and specifically amplified from the P. sojae isolates that have Avr1c gene.
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