ComQXPA quorum sensing systems may not be unique to Bacillus subtilis: a census in prokaryotic genomes.
ComQXPA quorum sensing systems may not be unique to Bacillus subtilis: a census in prokaryotic genomes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0096122
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Mandic-Mulec I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dogsa I;Choudhary KS;Marsetic Z;Hudaiberdiev S;Vera R;Pongor S;Mandic-Mulec I
枯草芽孢杆菌的comQXPA基因座编码典型的革兰氏阳性细菌的群体感应（QS）系统。它编码四种蛋白质，ComQ异戊二烯基转移酶，ComX前肽信号，ComP组氨酸激酶和ComA反应调节剂。它们由位于同一条染色体上的四个相邻基因编码。在这里，我们提出了一个全面的普查结果comQXPA样基因排列在2620个完整的和6970个草案原核基因组（测序到2013年底）。在手动检查数据的假阳性和假阴性命中后，我们发现了39个新的类似com的预测。普查数据显示，除了B。枯草芽孢杆菌和近亲属，20个comQXPA样基因座预测出现在B之外。枯草分支其中包括梭菌目的一些物种，但没有硬壁菌门以外的物种。在comQXPA基因座中观察到特征性的基因重叠模式，这与B不同。枯草杆菌样和非B.类似枯草杆菌的分支。与B中的ComX肽相关的显著序列变异性。subtilis进化枝在非B. subtilis进化枝，表明在底层群体感应系统中存在非常相似的进化约束。
The comQXPA locus of Bacillus subtilis encodes a quorum sensing (QS) system typical of Gram positive bacteria. It encodes four proteins, the ComQ isoprenyl transferase, the ComX pre-peptide signal, the ComP histidine kinase, and the ComA response regulator. These are encoded by four adjacent genes all situated on the same chromosome strand. Here we present results of a comprehensive census of comQXPA-like gene arrangements in 2620 complete and 6970 draft prokaryotic genomes (sequenced by the end of 2013). After manually checking the data for false-positive and false-negative hits, we found 39 novel com-like predictions. The census data show that in addition to B. subtilis and close relatives, 20 comQXPA-like loci are predicted to occur outside the B. subtilis clade. These include some species of Clostridiales order, but none outside the phylum Firmicutes. Characteristic gene-overlap patterns were observed in comQXPA loci, which were different for the B. subtilis-like and non-B. subtilis-like clades. Pronounced sequence variability associated with the ComX peptide in B. subtilis clade is evident also in the non-B. subtilis clade suggesting grossly similar evolutionary constraints in the underlying quorum sensing systems.
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DOI：
10.1073/pnas.1316283111
发表时间：
2014-01-28
影响因子：
11.1
作者：
Oslizlo, Anna;Stefanic, Polonca;Mandic-Mulec, Ines
通讯作者：
Mandic-Mulec, Ines
影响因子：
3.6
作者：
Ansaldi, M;Marolt, D;Dubnau, D
通讯作者：
Dubnau, D
影响因子：
56.9
作者：
Maamar, Hedia;Raj, Arjun;Dubnau, David
通讯作者：
Dubnau, David
影响因子：
1.6
作者：
Okada, Masahiro;Yamaguchi, Hisao;Sakagami, Youji
通讯作者：
Sakagami, Youji
影响因子：
10.5
作者：
Lopez, Daniel;Vlamakis, Hera;Kolter, Roberto
通讯作者：
Kolter, Roberto