The Brassica oleracea genome reveals the asymmetrical evolution of polyploid genomes.
The Brassica oleracea genome reveals the asymmetrical evolution of polyploid genomes.
复制标题
甘蓝基因组揭示多倍体基因组的不对称进化
DOI：
10.1038/ncomms4930
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发表时间：
2014-05-23
影响因子：
1.8
通讯作者：
Dai, Hao-Fu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu, Shuai;Yang, Wei;Liu, Shou-Bai;Wang, Hui;Guo, Zhi-Kai;Zeng, Yan-Bo;Dong, Wen-Hua;Mei, Wen-Li;Dai, Hao-Fu
多倍体化为植物适应性进化提供了许多遗传变异，但多倍体基因组的分子进化建立物种分化基础遗传结构的机制尚不清楚。芸苔属是增加多倍体进化知识的理想模型。在这里，我们描述了甘蓝的基因组序列草案，将其与其姐妹物种白菜的基因组序列进行比较，揭示了重复基因组块中的大量染色体重排和不对称基因丢失、转座元件的不对称扩增、特定途径的差异基因共保留以及大量旁系同源和直系同源基因中的基因表达变异，包括选择性剪接。与抗癌植物化学物质的产生和形态变异相关的基因说明了基因组复制和基因分歧的后果，从而给甘蓝带来生化和形态变异。这项研究提供了对芸苔属基因组进化的见解，并将支持对该属许多重要作物的研究。
Polyploidization has provided much genetic variation for plant adaptive evolution, but the mechanisms by which the molecular evolution of polyploid genomes establishes genetic architecture underlying species differentiation are unclear. Brassica is an ideal model to increase knowledge of polyploid evolution. Here we describe a draft genome sequence of Brassica oleracea, comparing it with that of its sister species B. rapa to reveal numerous chromosome rearrangements and asymmetrical gene loss in duplicated genomic blocks, asymmetrical amplification of transposable elements, differential gene co-retention for specific pathways and variation in gene expression, including alternative splicing, among a large number of paralogous and orthologous genes. Genes related to the production of anticancer phytochemicals and morphological variations illustrate consequences of genome duplication and gene divergence, imparting biochemical and morphological variation to B. oleracea. This study provides insights into Brassica genome evolution and will underpin research into the many important crops in this genus.
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DOI：
10.1080/00021369.1987.10868137
发表时间：
1987-04-01
期刊：
AGRICULTURAL AND BIOLOGICAL CHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
YAMADA, Y;NAKATANI, N;FUWA, H
通讯作者：
FUWA, H
影响因子：
5.1
作者：
Chang, FR;Chao, YC;Wu, YC
通讯作者：
Wu, YC
影响因子：
15
作者：
LIGHTNER, DA;BISACCHI, GS;NORRIS, RD
通讯作者：
NORRIS, RD
影响因子：
2.2
作者：
MOSMANN, T
通讯作者：
MOSMANN, T
影响因子：
3.8
作者：
HOUGHTON, PJ
通讯作者：
HOUGHTON, PJ