Communicating Structure and Function in Synthetic Biology Diagrams.
Communicating Structure and Function in Synthetic Biology Diagrams.
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DOI：
10.1021/acssynbio.9b00139
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发表时间：
2019-08-16
影响因子：
4.7
通讯作者：
Wipat A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beal J;Nguyen T;Gorochowski TE;Goñi-Moreno A;Scott-Brown J;McLaughlin JA;Madsen C;Aleritsch B;Bartley B;Bhakta S;Bissell M;Castillo Hair S;Clancy K;Luna A;Le Novère N;Palchick Z;Pocock M;Sauro H;Sexton JT;Tabor JJ;Voigt CA;Zundel Z;Myers C;Wipat A
生物工程师经常发现使用图表进行交流是很有用的。这些图表可以包括关于它们正在设计的核酸序列的结构的信息，以及关于这些序列的特征和/或其他分子物种之间的功能关系的信息。在合成生物学中已经开始出现用于创建这样的图的许多惯例和实践，并且合成生物学开放语言可视化(SBOL可视化)已经被开发为组织、系统化和扩展这种惯例以产生连贯的可视语言的标准。在这里，我们描述SBOL可视化版本2，它扩展了以前的图表标准，包括新的功能相互作用、分子物种类别、对字形变体家族的支持，以及指示系统元素之间的模块结构和映射的能力。SBOL Visual2还澄清了一些要求和最佳实践，大大扩展了可用于描述遗传特征的字形集合，并且可以使用各种软件工具轻松应用，包括通用和定制的。
Biological engineers often find it useful to communicate using diagrams. These diagrams can include information both about the structure of the nucleic acid sequences they are engineering and about the functional relationships between features of these sequences and/or other molecular species. A number of conventions and practices have begun to emerge within synthetic biology for creating such diagrams, and the Synthetic Biology Open Language Visual (SBOL Visual) has been developed as a standard to organize, systematize, and extend such conventions in order to produce a coherent visual language. Here, we describe SBOL Visual version 2, which expands previous diagram standards to include new functional interactions, categories of molecular species, support for families of glyph variants, and the ability to indicate modular structure and mappings between elements of a system. SBOL Visual 2 also clarifies a number of requirements and best practices, significantly expands the collection of glyphs available to describe genetic features, and can be readily applied using a wide variety of software tools, both general and bespoke.
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影响因子：
4.7
作者：
McLaughlin, James Alastair;Pocock, Matthew;Wipat, Anil
通讯作者：
Wipat, Anil
影响因子：
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作者：
Kitano, H;Funahashi, A;Oda, K
通讯作者：
Oda, K
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作者：
Kohn, KW;Aladjem, MI;Pommier, Y
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Pommier, Y
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作者：
Pirson, I;Fortemaison, N;Maenhaut, C
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Maenhaut, C
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作者：
Cox RS;Madsen C;McLaughlin J;Nguyen T;Roehner N;Bartley B;Bhatia S;Bissell M;Clancy K;Gorochowski T;Grünberg R;Luna A;Le Novère N;Pocock M;Sauro H;Sexton JT;Stan GB;Tabor JJ;Voigt CA;Zundel Z;Myers C;Beal J;Wipat A
通讯作者：
Wipat A