Enzyme Function Initiative-Enzyme Similarity Tool (EFI-EST): A web tool for generating protein sequence similarity networks.
Enzyme Function Initiative-Enzyme Similarity Tool (EFI-EST): A web tool for generating protein sequence similarity networks.
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2015.04.015
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发表时间：
2015-08
影响因子：
3.2
通讯作者：
Whalen, Katie L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gerlt, John A.;Bouvier, Jason T.;Davidson, Daniel B.;Imker, Heidi J.;Sadkhin, Boris;Slater, David R.;Whalen, Katie L.
酶功能倡议是NIH/NIGMS支持的大规模合作项目（EFI; U 54 GM 093342; http：//enzymefunction.org/），专注于设计和传播生物信息学和计算工具以及用于预测和分配的实验策略。功能（体外活性和体内生理/代谢作用）在基因组项目中发现的未表征的酶。蛋白质序列相似性网络（SSN）是用于分析蛋白质家族中的序列关系的视觉上强大的工具（H. J. Atkinson，J.H. Morris，T. E. Ferrin和P.C. Babeland，PLoS One 2009，4，e4345）。然而，生物/生物医学界的成员还没有获得为他们“最喜欢的”蛋白质家族生成SSN的能力。在这篇文章中，我们宣布EFI-EST（酶功能倡议-酶相似性工具）网络工具（http：//efi.igb.illinois.edu/efi-est/），可免费用于社区自动生成SSN。该工具可以为来自UniProt数据库（选项A）的用户提供的蛋白质序列或任何用户提供的Pfam和/或InterPro家族（选项B）的成员的“最近邻居”创建SSN。我们提供了一个介绍SSN，EFI-EST的描述，并使用EFI-EST探索序列功能空间的OMP脱羧酶超家族（PF 00215）的演示。这篇文章被设计成一个教程，将允许社区成员使用EFI-EST网络工具来探索蛋白质家族中的序列/功能空间。
The Enzyme Function Initiative, an NIH/NIGMS-supported Large-Scale Collaborative Project (EFI; U54GM093342; http://enzymefunction.org/), is focused on devising and disseminating bioinformatics and computational tools as well as experimental strategies for the prediction and assignment of functions (in vitro activities and in vivo physiological/metabolic roles) to uncharacterized enzymes discovered in genome projects. Protein sequence similarity networks (SSNs) are visually powerful tools for analyzing sequence relationships in protein families (H.J. Atkinson, J.H. Morris, T.E. Ferrin, and P.C. Babbitt, PLoS One 2009, 4, e4345). However, the members of the biological/biomedical community have not had access to the capability to generate SSNs for their “favorite” protein families. In this article we announce the EFI-EST (Enzyme Function Initiative-Enzyme Similarity Tool) web tool (http://efi.igb.illinois.edu/efi-est/) that is available without cost for the automated generation of SSNs by the community. The tool can create SSNs for the “closest neighbors” of a user-supplied protein sequence from the UniProt database (Option A) or of members of any user-supplied Pfam and/or InterPro family (Option B). We provide an introduction to SSNs, a description of EFI-EST, and a demonstration of the use of EFI-EST to explore sequence-function space in the OMP decarboxylase superfamily (PF00215). This article is designed as a tutorial that will allow members of the community to use the EFI-EST web tool for exploring sequence/function space in protein families.
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影响因子：
14.9
作者：
Mitchell A;Chang HY;Daugherty L;Fraser M;Hunter S;Lopez R;McAnulla C;McMenamin C;Nuka G;Pesseat S;Sangrador-Vegas A;Scheremetjew M;Rato C;Yong SY;Bateman A;Punta M;Attwood TK;Sigrist CJ;Redaschi N;Rivoire C;Xenarios I;Kahn D;Guyot D;Bork P;Letunic I;Gough J;Oates M;Haft D;Huang H;Natale DA;Wu CH;Orengo C;Sillitoe I;Mi H;Thomas PD;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
15
作者：
Fan, Hao;Hitchcock, Daniel S.;Seidel, Ronald D., II;Hillerich, Brandan;Lin, Henry;Almo, Steven C.;Sali, Andrej;Shoichet, Brian K.;Raushel, Frank M.
通讯作者：
Raushel, Frank M.
影响因子：
9.8
作者：
Mashiyama, Susan T.;Malabanan, M. Merced;Babbitt, Patricia C.
通讯作者：
Babbitt, Patricia C.
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts532
发表时间：
2012-11-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Barber AE 2nd;Babbitt PC
通讯作者：
Babbitt PC