CATH FunFHMMer web server: protein functional annotations using functional family assignments.
CATH FunFHMMer web server: protein functional annotations using functional family assignments.
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DOI：
10.1093/nar/gkv488
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Orengo CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das S;Sillitoe I;Lee D;Lees JG;Dawson NL;Ward J;Orengo CA
蛋白质数据库中功能注释缺口的扩大以及被测序蛋白质的数量和多样性的增加对蛋白质功能预测方法提出了新的挑战。多结构域蛋白质使蛋白质序列-结构-功能关系进一步复杂化，因为结构域的新组合可以扩展功能库，产生新的蛋白质和功能。在这里，我们提出了FunFHMMer网络服务器，它提供基因本体论（GO）注释查询蛋白质序列的基础上，基于域的CATH-Gene 3D资源的功能分类。我们的服务器还为功能性位点的预测提供了有价值的信息。FunFHMMer的预测能力已在一组95种蛋白质上得到验证，其中FunFHMMer的表现优于BLAST、Pfam和CDD。最近通过独立的国际竞争验证，FunFHMMer被列为预测生物过程和分子功能本体的GO注释的顶级功能预测方法之一。FunFHMMer Web服务器可在http://www.cathdb.info/search/by_funfhmmer上获得。
The widening function annotation gap in protein databases and the increasing number and diversity of the proteins being sequenced presents new challenges to protein function prediction methods. Multidomain proteins complicate the protein sequence–structure–function relationship further as new combinations of domains can expand the functional repertoire, creating new proteins and functions. Here, we present the FunFHMMer web server, which provides Gene Ontology (GO) annotations for query protein sequences based on the functional classification of the domain-based CATH-Gene3D resource. Our server also provides valuable information for the prediction of functional sites. The predictive power of FunFHMMer has been validated on a set of 95 proteins where FunFHMMer performs better than BLAST, Pfam and CDD. Recent validation by an independent international competition ranks FunFHMMer as one of the top function prediction methods in predicting GO annotations for both the Biological Process and Molecular Function Ontology. The FunFHMMer web server is available at http://www.cathdb.info/search/by_funfhmmer.
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影响因子：
6.8
作者：
Dessailly, Benoit H.;Redfern, Oliver C.;Cuff, Alison;Orengo, Christine A.
通讯作者：
Orengo, Christine A.
影响因子：
14.9
作者：
Lees JG;Lee D;Studer RA;Dawson NL;Sillitoe I;Das S;Yeats C;Dessailly BH;Rentzsch R;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
影响因子：
3.7
作者：
Supek F;Bošnjak M;Škunca N;Šmuc T
通讯作者：
Šmuc T
DOI：
10.1016/j.bbapap.2013.02.042
发表时间：
2013-05
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Dessailly BH;Dawson NL;Mizuguchi K;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
影响因子：
4.3
作者：
Skunca N;Altenhoff A;Dessimoz C
通讯作者：
Dessimoz C