Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes.
Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1285-0
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发表时间：
2017-09-04
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Wallace C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burren OS;Rubio García A;Javierre BM;Rainbow DB;Cairns J;Cooper NJ;Lambourne JJ;Schofield E;Castro Dopico X;Ferreira RC;Coulson R;Burden F;Rowlston SP;Downes K;Wingett SW;Frontini M;Ouwehand WH;Fraser P;Spivakov M;Todd JA;Wicker LS;Cutler AJ;Wallace C
自身免疫疾病相关变体优先发现于免疫细胞，特别是CD 4 + T细胞的调节区。在疾病相关的细胞环境中将这样的调控区与基因启动子连接有助于鉴定候选疾病基因。在4小时内，CD 4 + T细胞的活化引起组蛋白修饰和增强子RNA转录的变化，这些变化对应于通过启动子捕获Hi-C鉴定的相互作用基因的表达改变。通过整合启动子捕获Hi-C数据与五种自身免疫性疾病的遗传关联，我们优先考虑了245个候选基因，从峰值信号到优先考虑基因的中位距离为153 kb。只有不到一半（108/245）的人优先考虑与激活敏感相互作用相关的基因。这包括IL 2 RA，其中等位基因特异性表达分析与其相互作用介导的调节一致，说明了该方法的实用性。我们系统的实验框架提供了一种替代方法，候选因果基因识别的变异细胞状态特异性功能的影响，可实现的样本量。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-017-1285-0）包含补充材料，可供授权用户使用。
Autoimmune disease-associated variants are preferentially found in regulatory regions in immune cells, particularly CD4+ T cells. Linking such regulatory regions to gene promoters in disease-relevant cell contexts facilitates identification of candidate disease genes. Within 4 h, activation of CD4+ T cells invokes changes in histone modifications and enhancer RNA transcription that correspond to altered expression of the interacting genes identified by promoter capture Hi-C. By integrating promoter capture Hi-C data with genetic associations for five autoimmune diseases, we prioritised 245 candidate genes with a median distance from peak signal to prioritised gene of 153 kb. Just under half (108/245) prioritised genes related to activation-sensitive interactions. This included IL2RA, where allele-specific expression analyses were consistent with its interaction-mediated regulation, illustrating the utility of the approach. Our systematic experimental framework offers an alternative approach to candidate causal gene identification for variants with cell state-specific functional effects, with achievable sample sizes. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1285-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
64.5
作者：
Hnisz D;Abraham BJ;Lee TI;Lau A;Saint-André V;Sigova AA;Hoke HA;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
1.8
作者：
Chapman, JM;Cooper, JD;Clayton, DG
通讯作者：
Clayton, DG
影响因子：
7
作者：
Dryden NH;Broome LR;Dudbridge F;Johnson N;Orr N;Schoenfelder S;Nagano T;Andrews S;Wingett S;Kozarewa I;Assiotis I;Fenwick K;Maguire SL;Campbell J;Natrajan R;Lambros M;Perrakis E;Ashworth A;Fraser P;Fletcher O
通讯作者：
Fletcher O
影响因子：
20.3
作者：
Duhen, Thomas;Duhen, Rebekka;Campbell, Daniel J.
通讯作者：
Campbell, Daniel J.