DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication.
DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx713
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发表时间：
2018-03-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nakamura Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tanizawa Y;Fujisawa T;Nakamura Y
我们开发了一个原核生物基因组注释管道，DFAST，它也支持基因组提交到公共序列数据库。DFAST最初是作为一个在线注释服务器启动的，自2016年首次启动以来，到目前为止，已经处理了7000多个作业。这里，我们为DFAST提供了一个新实现的后台注释引擎，它也可以作为一个独立的命令行程序使用。该引擎可以在10分钟内注释一个典型大小的细菌基因组，具有丰富的信息，如假基因、翻译异常和给定参考基因组之间的同源基因分配。此外，DFAST的模块化框架允许用户轻松定制注释工作流程，也将有助于将来扩展新功能和合并新工具。该软件在Python 3中实现，并在Python 2.7和3.4中运行-在Macintosh和Linux系统上。它可以在https://github.com/nigyta/dfast_core/under上免费获得，使用GPLv3许可证，在软件发行版中捆绑了外部二进制文件。在线版也可在https://dfast.nig.ac.jp/找到。补充数据可在生物信息学网站获得。
We developed a prokaryotic genome annotation pipeline, DFAST, that also supports genome submission to public sequence databases. DFAST was originally started as an on-line annotation server, and to date, over 7000 jobs have been processed since its first launch in 2016. Here, we present a newly implemented background annotation engine for DFAST, which is also available as a standalone command-line program. The new engine can annotate a typical-sized bacterial genome within 10 min, with rich information such as pseudogenes, translation exceptions and orthologous gene assignment between given reference genomes. In addition, the modular framework of DFAST allows users to customize the annotation workflow easily and will also facilitate extensions for new functions and incorporation of new tools in the future. The software is implemented in Python 3 and runs in both Python 2.7 and 3.4—on Macintosh and Linux systems. It is freely available at https://github.com/nigyta/dfast_core/under the GPLv3 license with external binaries bundled in the software distribution. An on-line version is also available at https://dfast.nig.ac.jp/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
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作者：
Cochrane G;Karsch-Mizrachi I;Takagi T;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
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International Nucleotide Sequence Database Collaboration
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作者：
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Frith, Martin C.
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Takagi T
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作者：
Marchler-Bauer A;Bo Y;Han L;He J;Lanczycki CJ;Lu S;Chitsaz F;Derbyshire MK;Geer RC;Gonzales NR;Gwadz M;Hurwitz DI;Lu F;Marchler GH;Song JS;Thanki N;Wang Z;Yamashita RA;Zhang D;Zheng C;Geer LY;Bryant SH
通讯作者：
Bryant SH