CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures.
CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkw1129
复制
发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bryant SH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marchler-Bauer A;Bo Y;Han L;He J;Lanczycki CJ;Lu S;Chitsaz F;Derbyshire MK;Geer RC;Gonzales NR;Gwadz M;Hurwitz DI;Lu F;Marchler GH;Song JS;Thanki N;Wang Z;Yamashita RA;Zhang D;Zheng C;Geer LY;Bryant SH
NCBI的保守结构域数据库（CDD）旨在用进化上保守的蛋白质结构域足迹的位置和从这些足迹推断的功能位点来注释生物分子序列。一个预先计算的结构域注释的档案被维护为NCBI的NICKZ数据库跟踪的蛋白质，并提供实时搜索服务。CDD策展工作人员补充了从外部提供商导入的蛋白质结构域和蛋白质家族模型的全面集合，其中包含内部策展的选定结构域家族的表示，并组织成功能不同的家族和子家族的层次分类。CDD还支持通过保守结构域架构对蛋白质家族进行比较分析，最近的策展工作重点是使用SPARCLE（亚家族蛋白质架构标记引擎）提供不同亚家族架构的功能表征。CDD可以在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml上访问。
NCBI's Conserved Domain Database (CDD) aims at annotating biomolecular sequences with the location of evolutionarily conserved protein domain footprints, and functional sites inferred from such footprints. An archive of pre-computed domain annotation is maintained for proteins tracked by NCBI's Entrez database, and live search services are offered as well. CDD curation staff supplements a comprehensive collection of protein domain and protein family models, which have been imported from external providers, with representations of selected domain families that are curated in-house and organized into hierarchical classifications of functionally distinct families and sub-families. CDD also supports comparative analyses of protein families via conserved domain architectures, and a recent curation effort focuses on providing functional characterizations of distinct subfamily architectures using SPARCLE: Subfamily Protein Architecture Labeling Engine. CDD can be accessed at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
影响因子：
14.9
作者：
Klimke W;Agarwala R;Badretdin A;Chetvernin S;Ciufo S;Fedorov B;Kiryutin B;O'Neill K;Resch W;Resenchuk S;Schafer S;Tolstoy I;Tatusova T
通讯作者：
Tatusova T
影响因子：
14.9
作者：
Letunic I;Doerks T;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
14.9
作者：
Tatusov, RL;Natale, DA;Koonin, EV
通讯作者：
Koonin, EV
影响因子：
14.9
作者：
Marchler-Bauer, A;Bryant, SH
通讯作者：
Bryant, SH