REDfly: the transcriptional regulatory element database for Drosophila.
REDfly: the transcriptional regulatory element database for Drosophila.
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DOI：
10.1093/nar/gky957
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Halfon MS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rivera J;Keränen SVE;Gallo SM;Halfon MS
REDfly数据库提供了实验验证的果蝇转录顺式调控元件的全面管理，包括DNA序列，实验证据，调控基因表达模式等信息。现在，在其第十三个年头，REDfly已经发展到超过23000个测试的报告基因构建体和2200个测试的转录因子结合位点的记录。最近的发展包括除了实验验证的模块外，还开始对预测的顺式调控模块进行策展，改进搜索和过滤，以及增加与策展论文作者的互动。一个扩大的数据模型，将捕捉信息的时间方面的基因调控，调节响应环境和其他非发育线索，性二态基因调控，和非内源性（异位）方面的报告基因表达正在开发中，预计将在未来一年内到位。REDfly可以在http://redfly.ccr.buffalo.edu上免费访问，有关数据库更新和新功能的新闻可以在Twitter上@REDfly_database上关注。
The REDfly database provides a comprehensive curation of experimentally-validated Drosophila transcriptional cis-regulatory elements and includes information on DNA sequence, experimental evidence, patterns of regulated gene expression, and more. Now in its thirteenth year, REDfly has grown to over 23 000 records of tested reporter gene constructs and 2200 tested transcription factor binding sites. Recent developments include the start of curation of predicted cis-regulatory modules in addition to experimentally-verified ones, improved search and filtering, and increased interaction with the authors of curated papers. An expanded data model that will capture information on temporal aspects of gene regulation, regulation in response to environmental and other non-developmental cues, sexually dimorphic gene regulation, and non-endogenous (ectopic) aspects of reporter gene expression is under development and expected to be in place within the coming year. REDfly is freely accessible at http://redfly.ccr.buffalo.edu, and news about database updates and new features can be followed on Twitter at @REDfly_database.
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