Bioinformatic analysis of WxL domain proteins.
Bioinformatic analysis of WxL domain proteins.
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DOI：
10.1016/j.sjbs.2022.103526
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发表时间：
2023-02
影响因子：
4.4
通讯作者：
Williamson, Mike P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hassan, Mahreen U.;Williamson, Mike P.
WxL 结构域存在于许多细菌的细胞表面，其中大多数是共生肠道细菌。其功能通常被认为与毒力和/或肽聚糖附着有关，但迄今为止该结构域尚无明确的功能或结构。在这里，使用了一系列生物信息学工具来阐明结构和功能。这些表明 WxL 结构域出现在细胞表面相关基因簇中，这些基因簇始终包含小 WxL、大 WxL 和 DUF916 结构域；尽管小 WxL 蛋白和大 WxL 蛋白共享两个保守的 WxL 基序，但它们具有不同的结构。两个 WxL 基序形成埋在蛋白质内部的疏水表面。 WxL 结构域的可能功能是附着在细菌肽聚糖上，形成一个平台，允许簇中的相关结构域与宿主蛋白相互作用。
The WxL domain is found on the cell surface of many bacteria, most of which are commensal gut bacteria. Its functions are generally identified as being related to virulence and/or peptidoglycan attachment, but there is so far no clear function or structure for this domain. Here, a range of bioinformatics tools were used to clarify the structure and function. These indicate that WxL domains occur in cell surface-associated gene clusters that always contain a small WxL, large WxL and DUF916 domain; and that the small and large WxL proteins have distinct structure despite sharing two conserved WxL motifs. The two WxL motifs form a hydrophobic surface buried inside the protein. The likely function of the WxL domain is to attach to bacterial peptidoglycan, forming a platform to allow associated domains in the cluster to interact with host proteins.
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影响因子：
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作者：
Mistry J;Chuguransky S;Williams L;Qureshi M;Salazar GA;Sonnhammer ELL;Tosatto SCE;Paladin L;Raj S;Richardson LJ;Finn RD;Bateman A
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Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
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