Reverse transcription-PCR assays for the differentiation of various US porcine epidemic diarrhea virus strains.
Reverse transcription-PCR assays for the differentiation of various US porcine epidemic diarrhea virus strains.
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DOI：
10.1016/j.jviromet.2016.04.018
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发表时间：
2016-08
影响因子：
3.1
通讯作者：
Wang Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu X;Wang Q
与此同时，几种猪流行性腹泻病毒（PEDV）变体正在美国养猪场流行，包括原始的美国和刺长插入-删除（S-INDEL）毒株。在本研究中，基于穗(S)基因S1结构域的差异，建立了检测和分化不同US PEDV变体的反转录(RT)-PCR方法。该实验成功分化了3株PEDV毒株：PC22A（原美国毒株）、iow106 （S-INDEL）和PC177 (S-197DEL)，该毒株来源于细胞培养适应，S1结构域缺失197个氨基酸。该试验未扩增猪三角冠状病毒OH-FD22株或传染性胃肠炎病毒米勒株。这是关于RT-PCR技术发展的第一份报告，该技术允许检测和区分所有主要类型的美国PEDV变异。
Concurrently, several porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) variants are circulating in US swine farms, including the original US and the spike insertion-deletion (S-INDEL) strains. In this study, reverse transcription (RT)-PCR assays for the detection and differentiation of different US PEDV variants were developed based on the differences in the S1 domain of the spike (S) gene. This assay successfully differentiated three PEDV strains: PC22A (the original US virulent), Iowa106 (S-INDEL), and PC177 (S-197DEL) that was derived from cell culture adaptation and has a 197 amino acid-deletion in the S1 domain. The assays did not amplify the porcine deltacoronavirus OH-FD22 strain or transmissible gastroenteritis virus Miller strain. It is the first report on the development of RT-PCR assays allowing the detection and differentiation of all major types of US PEDV variants.
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