Genomic and evolutionary inferences between American and global strains of porcine epidemic diarrhea virus.
Genomic and evolutionary inferences between American and global strains of porcine epidemic diarrhea virus.
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DOI：
10.1016/j.prevetmed.2015.10.020
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发表时间：
2016-01-01
影响因子：
2.6
通讯作者：
Marthaler D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jarvis MC;Lam HC;Zhang Y;Wang L;Hesse RA;Hause BM;Vlasova A;Wang Q;Zhang J;Nelson MI;Murtaugh MP;Marthaler D
猪流行性腹泻病毒（PEDV）近年来在美国和历史上在整个欧洲和亚洲都造成了严重的经济损失。传统上，刺突基因的分析已用于确定PEDV毒株之间的系统发育关系。我们确定了来自美国猪的93个PEDV田间样品的完整基因组，并结合可从GenBank获得的完整基因组序列（n = 126）分析数据以确定最可变的基因组区域。我们的研究结果表明，高水平的变化，而结构基因的C-末端结构域的ORF 1和穗区域是高度保守的。刺突基因中的受体结合结构域的分析揭示了与亚洲菌株相比，美国菌株中有限数量的氨基酸取代。完整基因组序列数据的系统发育分析显示，重组率高，从而导致不同的进化模式推断的穗区域与整个基因组的同源性。这些发现表明，穗区以外的重要遗传事件有助于PEDV的进化。
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) has caused severe economic losses both recently in the United States (US) and historically throughout Europe and Asia. Traditionally, analysis of the spike gene has been used to determine phylogenetic relationships between PEDV strains. We determined the complete genomes of 93 PEDV field samples from US swine and analyzed the data in conjunction with complete genome sequences available from GenBank (n = 126) to determine the most variable genomic areas. Our results indicate high levels of variation within the ORF1 and spike regions while the C-terminal domains of structural genes were highly conserved. Analysis of the Receptor Binding Domains in the spike gene revealed a limited number of amino acid substitutions in US strains compared to Asian strains. Phylogenetic analysis of the complete genome sequence data revealed high rates of recombination, resulting in differing evolutionary patterns in phylogenies inferred for the spike region versus whole genomes. These finding suggest that significant genetic events outside of the spike region have contributed to the evolution of PEDV.
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