DoriC 10.0: an updated database of replication origins in prokaryotic genomes including chromosomes and plasmids.
DoriC 10.0: an updated database of replication origins in prokaryotic genomes including chromosomes and plasmids.
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DoriC 10.0：原核基因组复制起点（包括染色体和质粒）的更新数据库
DOI：
10.1093/nar/gky1014
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gao F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo H;Gao F
摘要DoriC是一个复制起点数据库，最初是为了呈现Ori-Doppler预测或2007年实验确定的细菌oriCs而创建的。DoriC 5.0是细菌和古细菌基因组中oriC区域的更新数据库，发表在2013年的Nucleic Acids Research数据库问题上。现在，最新发布的DoriC 10是对原核基因组（包括染色体和质粒）复制起点的大规模更新，它具有完全重新设计的用户界面，可在http://tubic.org/doric/和http://tubic.tju.edu.cn/doric/上免费获得。在当前版本中，DoriC数据库与5.0版本相比有了以下显著改进：（i）在更多细菌染色体上包含的oriC从1633增加到7580;（ii）在更多古细菌染色体上包含的oriC从86增加到226;（iii）包含从NCBI注释检索或通过计算机模拟分析预测的1209个质粒复制起点;（iv）在细菌染色体上包含更多的复制起点元件，包括DnaA-trio基序。目前，DoriC已成为原核生物基因组中最完整、可扩展的复制起点数据库，为大规模的oriC数据挖掘、链偏差分析和复制起点预测等研究提供了便利。
Abstract DoriC, a database of replication origins, was initially created to present the bacterial oriCs predicted by Ori-Finder or determined by experiments in 2007. DoriC 5.0, an updated database of oriC regions in both bacterial and archaeal genomes, was published in the 2013 Nucleic Acids Research database issue. Now, the latest release DoriC 10, a large-scale update of replication origins in prokaryotic genomes including chromosomes and plasmids, has been presented with a completely redesigned user interface, which is freely available at http://tubic.org/doric/ and http://tubic.tju.edu.cn/doric/. In the current release, the database of DoriC has made significant improvements compared with version 5.0 as follows: (i) inclusion of oriCs on more bacterial chromosomes increased from 1633 to 7580; (ii) inclusion of oriCs on more archaeal chromosomes increased from 86 to 226; (iii) inclusion of 1209 plasmid replication origins retrieved from NCBI annotations or predicted by in silico analysis; (iv) inclusion of more replication origin elements on bacterial chromosomes including DnaA-trio motifs. Now, DoriC becomes the most complete and scalable database of replication origins in prokaryotic genomes, and facilitates the studies in large-scale oriC data mining, strand-biased analyses and replication origin predictions.
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影响因子：
5.2
作者：
Luo H;Zhang CT;Gao F
通讯作者：
Gao F
影响因子：
5.2
作者：
Marczynski GT;Rolain T;Taylor JA
通讯作者：
Taylor JA
DOI：
10.1073/pnas.87.12.4576
发表时间：
1990-06-01
影响因子：
11.1
作者：
WOESE, CR;KANDLER, O;WHEELIS, ML
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WHEELIS, ML
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影响因子：
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作者：
Richardson TT;Harran O;Murray H
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作者：
Doran, KS;Helinski, DR;Konieczny, I
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