Genome contact map explorer: a platform for the comparison, interactive visualization and analysis of genome contact maps.
Genome contact map explorer: a platform for the comparison, interactive visualization and analysis of genome contact maps.
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DOI：
10.1093/nar/gkx644
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发表时间：
2017-09-29
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lizana L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kumar R;Sobhy H;Stenberg P;Lizana L
Hi-C实验以大基因组接触图（Hi-C图）的形式生成数据。这表明染色体是按照三维隔间的层次结构排列的。但是，为了理解这些区室是如何形成的，以及它们对基因调控等遗传过程的影响有多大，生物学家和生物信息学家需要有效的工具来可视化和分析Hi-C数据。然而，这在技术上具有挑战性，因为这些地图很大。在本文中，我们通过实现高效的文件格式和开发基因组接触图谱浏览器平台来解决这个问题。除了处理Hi-C数据的工具，如标准化方法和可编程接口，我们还制作了一个图形界面，让用户浏览，滚动和缩放Hi-C地图，以直观地搜索Hi-C数据中的模式。在该软件中，还可以同时浏览多个地图并绘制相关的基因组数据。该软件对科学界是开放的。
Hi-C experiments generate data in form of large genome contact maps (Hi-C maps). These show that chromosomes are arranged in a hierarchy of three-dimensional compartments. But to understand how these compartments form and by how much they affect genetic processes such as gene regulation, biologists and bioinformaticians need efficient tools to visualize and analyze Hi-C data. However, this is technically challenging because these maps are big. In this paper, we remedied this problem, partly by implementing an efficient file format and developed the genome contact map explorer platform. Apart from tools to process Hi-C data, such as normalization methods and a programmable interface, we made a graphical interface that let users browse, scroll and zoom Hi-C maps to visually search for patterns in the Hi-C data. In the software, it is also possible to browse several maps simultaneously and plot related genomic data. The software is openly accessible to the scientific community.
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影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
12.3
作者：
Akdemir KC;Chin L
通讯作者：
Chin L
影响因子：
2.1
作者：
van der Walt, Stefan;Colbert, S. Chris;Varoquaux, Gael
通讯作者：
Varoquaux, Gael
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq164
发表时间：
2010-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hoffman MM;Buske OJ;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
56.9
作者：
Dekker, J;Rippe, K;Kleckner, N
通讯作者：
Kleckner, N