The Genomedata format for storing large-scale functional genomics data.
The Genomedata format for storing large-scale functional genomics data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq164
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发表时间：
2010-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Noble WS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoffman MM;Buske OJ;Noble WS
摘要：我们提出了一种格式，用于有效存储锚定在基因组上的多个数字数据轨道。这种格式允许对数百gb的数据进行快速随机访问，同时保留很小的磁盘空间占用。我们还开发了将数据加载为这种格式的实用程序。我们表明，从这种格式检索数据比使用wiggle文件的简单方法快2900倍以上。可用性和实现：在GNU通用公共许可证下，可在http://noble.gs.washington.edu/proj/genomedata/上获得Python和C组件的参考实现。联系人:william-noble@uw.edu
Summary: We present a format for efficient storage of multiple tracks of numeric data anchored to a genome. The format allows fast random access to hundreds of gigabytes of data, while retaining a small disk space footprint. We have also developed utilities to load data into this format. We show that retrieving data from this format is more than 2900 times faster than a naive approach using wiggle files. Availability and Implementation: Reference implementation in Python and C components available at http://noble.gs.washington.edu/proj/genomedata/ under the GNU General Public License. Contact: william-noble@uw.edu
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通讯作者：
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通讯作者：
Myers, Richard M.
DOI：
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发表时间：
2009-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
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通讯作者：
1000 Genome Project Data Processing Subgroup
DOI：
10.1038/nrg2641
发表时间：
2009-10
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--