Rational design of minimal synthetic promoters for plants.
Rational design of minimal synthetic promoters for plants.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa682
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发表时间：
2020-12-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Patron NJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cai YM;Kallam K;Tidd H;Gendarini G;Salzman A;Patron NJ
启动子在通过招募蛋白质（包括转录因子）建立基线转录能力方面发挥着关键作用。此前，植物中顺式调控元件的数据匮乏，这意味着确定植物启动子序列中的哪些序列元件有助于转录功能具有挑战性。在这项研究中，我们鉴定了植物基因和植物病原体启动子中利用植物转录机制进行基因表达的功能元件。我们建立了一个定量实验系统来研究转录功能，研究身份、密度和位置如何影响调节功能。然后，我们确定了最小合成植物启动子的许可架构，从而能够对一套不同强度的合成启动子进行计算设计。这些已被用于调节简单遗传装置中输出基因的相对表达。
Promoters serve a critical role in establishing baseline transcriptional capacity through the recruitment of proteins, including transcription factors. Previously, a paucity of data for cis-regulatory elements in plants meant that it was challenging to determine which sequence elements in plant promoter sequences contributed to transcriptional function. In this study, we have identified functional elements in the promoters of plant genes and plant pathogens that utilize plant transcriptional machinery for gene expression. We have established a quantitative experimental system to investigate transcriptional function, investigating how identity, density and position contribute to regulatory function. We then identified permissive architectures for minimal synthetic plant promoters enabling the computational design of a suite of synthetic promoters of different strengths. These have been used to regulate the relative expression of output genes in simple genetic devices.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
7.7
作者：
de Lange O;Klavins E;Nemhauser J
通讯作者：
Nemhauser J
PlantTFDB 4.0：成为植物转录因子和调控相互作用的中心枢纽。
影响因子：
14.9
作者：
Jin J;Tian F;Yang DC;Meng YQ;Kong L;Luo J;Gao G
通讯作者：
Gao G
影响因子：
7.4
作者：
Andres, Jennifer;Blomeier, Tim;Zurbriggen, Matias D.
通讯作者：
Zurbriggen, Matias D.
影响因子：
7.4
作者：
Bhullar, S;Chakravarthy, S;Burma, PK
通讯作者：
Burma, PK