Utilizing experimental data for reducing ensemble size in flexible-protein docking.
Utilizing experimental data for reducing ensemble size in flexible-protein docking.
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DOI：
10.1021/ci200428t
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发表时间：
2012-01-23
影响因子：
5.6
通讯作者：
Lill MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu M;Lill MA
有效和充分地将蛋白质灵活性纳入对接仍然是一项具有挑战性的任务。对接到一个蛋白质结构集合已经证明了其对接的实用性，但是使用一个大的结构集合会降低对接的效率，并且会增加虚拟筛选中的假阳性数量。在本文中，我们描述了我们的新方法，Limoc的应用，以产生一个整体的全息样蛋白质结构，结合放松复杂方案（RCS），以虚拟筛选。我们描述了不同的方案来减少蛋白质结构的集合，以提高效率和富集质量。利用关于目标蛋白活性的实验知识，可以将集合成员减少到至少三个蛋白质结构，同时提高富集质量和效率。
Efficient and sufficient incorporation of protein flexibility into docking is still a challenging task. Docking to an ensemble of protein structures has proven its utility for docking, but using a large ensemble of structures can reduce the efficiency of docking and can increase the number of false positives in virtual screening. In this paper, we describe the application of our new methodology, Limoc, to generate an ensemble of holo-like protein structures in combination with the relaxed complex scheme (RCS), to virtual screening. We describe different schemes to reduce the ensemble of protein structures to increase efficiency and enrichment quality. Utilizing experimental knowledge about actives for a target protein allows the reduction of ensemble members to a minimum of three protein structures increasing enrichment quality and efficiency simultaneously.
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