Berkeley PHOG: PhyloFacts orthology group prediction web server.
Berkeley PHOG: PhyloFacts orthology group prediction web server.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkp373
复制
发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sjölander K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Datta RS;Meacham C;Samad B;Neyer C;Sjölander K
同源检测在基因组的功能注释中是必不可少的，可以应用于系统发育树的构建、蛋白质相互作用的预测和其他生物信息学任务。我们在这里提出了PHOG web服务器采用一种新的算法来识别基于系统发育分析的同源物。来自treefama的基准数据集的结果表明，PHOG提供了与InParanoid和OrthoMCL竞争的高召回率和精度的组合，并允许用户通过使用树距离阈值来瞄准不同的分类距离和精度水平。例如，OrthoMCL-DB在该数据集上实现了76%的召回率和66%的准确率；在略高的精度（68%）下，PHOG的召回率提高了10%（86%）。在这个数据集上，InParanoid的查全率为87%，查全率为24%，而PHOG变体的查全率为88%，查全率为61%，比InParanoid的查全率提高了37%。PHOG基于PhyloFacts资源中预先计算的树，包含超过366 K个至少三个物种的同源群。预测的同源物与GO注释、通路信息和生物学文献相关联。PHOG web服务器可在http://phylofacts.berkeley.edu/orthologs/上获得。
Ortholog detection is essential in functional annotation of genomes, with applications to phylogenetic tree construction, prediction of protein–protein interaction and other bioinformatics tasks. We present here the PHOG web server employing a novel algorithm to identify orthologs based on phylogenetic analysis. Results on a benchmark dataset from the TreeFam-A manually curated orthology database show that PHOG provides a combination of high recall and precision competitive with both InParanoid and OrthoMCL, and allows users to target different taxonomic distances and precision levels through the use of tree-distance thresholds. For instance, OrthoMCL-DB achieved 76% recall and 66% precision on this dataset; at a slightly higher precision (68%) PHOG achieves 10% higher recall (86%). InParanoid achieved 87% recall at 24% precision on this dataset, while a PHOG variant designed for high recall achieves 88% recall at 61% precision, increasing precision by 37% over InParanoid. PHOG is based on pre-computed trees in the PhyloFacts resource, and contains over 366 K orthology groups with a minimum of three species. Predicted orthologs are linked to GO annotations, pathway information and biological literature. The PHOG web server is available at http://phylofacts.berkeley.edu/orthologs/.
登录
查看更多内容
伯克利系统基因组学组Web服务器：结构性系统基因分析的资源。
影响因子：
14.9
作者：
Glanville, Jake Gunn;Kirshner, Dan;Krishnamurthy, Nandini;Sjolander, Kimmen
通讯作者：
Sjolander, Kimmen
影响因子：
5.8
作者：
Sjölander, K
通讯作者：
Sjölander, K
DOI：
10.2307/2412448
发表时间：
1970-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM
DOI：
10.1073/pnas.96.8.4285
发表时间：
1999-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Pellegrini, M;Marcotte, EM;Yeates, TO
通讯作者：
Yeates, TO
影响因子：
12.3
作者：
Krishnamurthy, Nandini;Brown, Duncan P.;Sjolander, Kimmen
通讯作者：
Sjolander, Kimmen