IMG/M: integrated genome and metagenome comparative data analysis system.
IMG/M: integrated genome and metagenome comparative data analysis system.
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DOI：
10.1093/nar/gkw929
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kyrpides NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen IA;Markowitz VM;Chu K;Palaniappan K;Szeto E;Pillay M;Ratner A;Huang J;Andersen E;Huntemann M;Varghese N;Hadjithomas M;Tennessen K;Nielsen T;Ivanova NN;Kyrpides NC
微生物组样本集成微生物基因组 (IMG/M: https://img.jgi.doe.gov/m/) 系统包含以下注释的 DNA 和 RNA 序列数据：(i) 来自培养生物的古菌、细菌、真核和病毒基因组，(ii) 来自未培养的古细菌、细菌和病毒的单细胞基因组 (SCG) 和宏基因组 (GFM) 以及 (iii) 来自环境、宿主相关和病毒的宏基因组。工程微生物组样本。序列数据由美国能源部联合基因组研究所 (JGI) 生成、由个别科学家提交或从公共序列数据档案中收集。结构和功能注释由 JGI 的基因组和宏基因组注释管道进行。各种分析和可视化工具为检查和比较 IMG/M 的数据集提供支持。 IMG/M 允许对公开数据集进行开放访问交互式分析，而手动管理、提交和访问私有数据集以及基于计算密集型工作区的分析则需要登录/密码访问其专家评审 (ER) 配套系统 (IMG/M ER：https://img.jgi.doe.gov/mer/)。自2014年NAR数据库问题上发布的上一份报告以来，IMG/M的数据集内容在数据集数量和总体蛋白质编码基因方面增加了两倍，同时其分析工具也得到了扩展，以应对系统处理的数据集数量和规模的快速增长。
The Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG/M: https://img.jgi.doe.gov/m/) system contains annotated DNA and RNA sequence data of (i) archaeal, bacterial, eukaryotic and viral genomes from cultured organisms, (ii) single cell genomes (SCG) and genomes from metagenomes (GFM) from uncultured archaea, bacteria and viruses and (iii) metagenomes from environmental, host associated and engineered microbiome samples. Sequence data are generated by DOE's Joint Genome Institute (JGI), submitted by individual scientists, or collected from public sequence data archives. Structural and functional annotation is carried out by JGI's genome and metagenome annotation pipelines. A variety of analytical and visualization tools provide support for examining and comparing IMG/M's datasets. IMG/M allows open access interactive analysis of publicly available datasets, while manual curation, submission and access to private datasets and computationally intensive workspace-based analysis require login/password access to its expert review (ER) companion system (IMG/M ER: https://img.jgi.doe.gov/mer/). Since the last report published in the 2014 NAR Database Issue, IMG/M's dataset content has tripled in terms of number of datasets and overall protein coding genes, while its analysis tools have been extended to cope with the rapid growth in the number and size of datasets handled by the system.
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