NPDock: a web server for protein-nucleic acid docking.
NPDock: a web server for protein-nucleic acid docking.
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DOI：
10.1093/nar/gkv493
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bujnicki JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tuszynska I;Magnus M;Jonak K;Dawson W;Bujnicki JM
蛋白质-RNA和蛋白质-DNA相互作用在许多生物过程中起着重要作用。要详细了解这些相互作用，需要了解蛋白质-核酸复合物的结构。由于这些复合物的实验测定是耗时的，在某些情况下可能是徒劳的，我们专注于从分离的结构开始的计算对接方法。对接方法被广泛用于研究蛋白质-蛋白质相互作用，然而，只有少数方法可用于模拟蛋白质-核酸复合物。在这里，我们描述NPDock（核酸-蛋白质对接）;一种用于预测蛋白质-核酸结构复合物的新型网络服务器，其实现了计算工作流程，包括对接、姿势评分、最佳评分模型的聚类和最有希望的解决方案的细化。NPDock服务器提供用户友好的界面和结果的3D可视化。最小的输入数据集由PDB格式的蛋白质结构和DNA或RNA结构组成。高级选项可用于控制对接过程的特定细节并获得中间结果。该网络服务器位于http://genesilico.pl/NPDock。
Protein–RNA and protein–DNA interactions play fundamental roles in many biological processes. A detailed understanding of these interactions requires knowledge about protein–nucleic acid complex structures. Because the experimental determination of these complexes is time-consuming and perhaps futile in some instances, we have focused on computational docking methods starting from the separate structures. Docking methods are widely employed to study protein–protein interactions; however, only a few methods have been made available to model protein–nucleic acid complexes. Here, we describe NPDock (Nucleic acid–Protein Docking); a novel web server for predicting complexes of protein–nucleic acid structures which implements a computational workflow that includes docking, scoring of poses, clustering of the best-scored models and refinement of the most promising solutions. The NPDock server provides a user-friendly interface and 3D visualization of the results. The smallest set of input data consists of a protein structure and a DNA or RNA structure in PDB format. Advanced options are available to control specific details of the docking process and obtain intermediate results. The web server is available at http://genesilico.pl/NPDock.
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