A tissue-specific self-interacting chromatin domain forms independently of enhancer-promoter interactions
A tissue-specific self-interacting chromatin domain forms independently of enhancer-promoter interactions
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组织特异性自相互作用染色质结构域的形成独立于增强子-启动子相互作用
DOI：
10.1101/234427
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Brown J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brown J
自相互作用的染色质结构域包括基因及其顺式调控元件；然而，结构域的三维形态，是否依赖于增强子-启动子相互作用，以及介导这些结构域形成和维持所需的过程，仍然不清楚。为了研究这些问题，我们结合了高分辨率染色体构象捕获、非变性形式的荧光原位杂交和超分辨率成像来研究包含小鼠α-珠蛋白调控位点的70 kb结构域。我们发现该区域形成了一个红系特异性的、解压缩的、自相互作用的结构域，在红系终末分化早期被经常对立的CTCF/内聚蛋白结合位点所分隔，并且不需要转录延伸来维持结构域结构。该结构域的形成不依赖于α-珠蛋白基因与其主要增强子之间的相互作用，表明该结构域的建立机制与转录无关。然而，主要增强子的缺失确实改变了内部域的相互作用。因此，环状结构域的形成似乎是一个机械过程，与内部的特定相互作用无关。
Self-interacting chromatin domains encompass genes and theircis-regulatory elements; however, the three-dimensional form a domain takes, whether this relies on enhancer–promoter interactions, and the processes necessary to mediate the formation and maintenance of such domains, remain unclear. To examine these questions, here we use a combination of high-resolution chromosome conformation capture, a non-denaturing form of fluorescence in situ hybridisation and super-resolution imaging to study a 70 kb domain encompassing the mouse α-globin regulatory locus. We show that this region forms an erythroid-specific, decompacted, self-interacting domain, delimited by frequently apposed CTCF/cohesin binding sites early in terminal erythroid differentiation, and does not require transcriptional elongation for maintenance of the domain structure. Formation of this domain does not rely on interactions between the α-globin genes and their major enhancers, suggesting a transcription-independent mechanism for establishment of the domain. However, absence of the major enhancers does alter internal domain interactions. Formation of a loop domain therefore appears to be a mechanistic process that occurs irrespective of the specific interactions within.
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通讯作者：
Nollmann M
DOI：
10.1007/978-1-4939-2253-6_3
发表时间：
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