PDBe: towards reusable data delivery infrastructure at protein data bank in Europe.
PDBe: towards reusable data delivery infrastructure at protein data bank in Europe.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1070
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Velankar S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mir S;Alhroub Y;Anyango S;Armstrong DR;Berrisford JM;Clark AR;Conroy MJ;Dana JM;Deshpande M;Gupta D;Gutmanas A;Haslam P;Mak L;Mukhopadhyay A;Nadzirin N;Paysan-Lafosse T;Sehnal D;Sen S;Smart OS;Varadi M;Kleywegt GJ;Velankar S
欧洲蛋白质数据库（PDBe，pdbe.org）积极参与大分子结构数据的沉积、注释、修复、富集和传播。本文介绍了新的发展和改进PDBE解决三个具有挑战性的领域：数据丰富，数据传播和功能的可重用性。PDBe网站的新功能进行了讨论，包括上下文相关的菜单提供链接到原始实验数据和改进的演示结构解决了混合方法。本文还总结了LiteMol套件的功能，这是一套服务，使快速和交互式的三维可视化结构，与相关的实验地图，注释和质量评估信息。我们引入了一个Web组件库，它可以很容易地重用到端口的数据和功能，可在PDBE到其他服务。我们还介绍了SIFTS资源的更新，它将PDB数据映射到其他生物信息学资源，以及PDBe REST API。
The Protein Data Bank in Europe (PDBe, pdbe.org) is actively engaged in the deposition, annotation, remediation, enrichment and dissemination of macromolecular structure data. This paper describes new developments and improvements at PDBe addressing three challenging areas: data enrichment, data dissemination and functional reusability. New features of the PDBe Web site are discussed, including a context dependent menu providing links to raw experimental data and improved presentation of structures solved by hybrid methods. The paper also summarizes the features of the LiteMol suite, which is a set of services enabling fast and interactive 3D visualization of structures, with associated experimental maps, annotations and quality assessment information. We introduce a library of Web components which can be easily reused to port data and functionality available at PDBe to other services. We also introduce updates to the SIFTS resource which maps PDB data to other bioinformatics resources, and the PDBe REST API.
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