The EMBL Nucleotide Sequence Database.
The EMBL Nucleotide Sequence Database.
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DOI：
10.1093/nar/gki098
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Apweiler R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kanz C;Aldebert P;Althorpe N;Baker W;Baldwin A;Bates K;Browne P;van den Broek A;Castro M;Cochrane G;Duggan K;Eberhardt R;Faruque N;Gamble J;Diez FG;Harte N;Kulikova T;Lin Q;Lombard V;Lopez R;Mancuso R;McHale M;Nardone F;Silventoinen V;Sobhany S;Stoehr P;Tuli MA;Tzouvara K;Vaughan R;Wu D;Zhu W;Apweiler R
EMBL核苷酸序列数据库（http://www.ebi.ac.uk/embl）由英国剑桥附近的欧洲生物信息学研究所（EBI）维护，是一个来自公共资源的核苷酸序列和注释的综合集合。该数据库是与DDBJ（日本）和GenBank（美国）国际合作的一部分。每天在合作机构之间交换数据，以实现快速同步。Webin是个人提交核苷酸序列的首选工具，包括第三方注释（TPA）和比对。为大规模测序项目的提交和来自欧洲专利局的数据提供了自动化程序。新的和更新的数据记录每天分发，整个EMBL核苷酸序列数据库每年发布四次。通过ftp和几个WWW接口提供对序列数据的访问。利用基于网络的序列检索系统（SRS），还可以将核苷酸数据与EBI维护的其他专业分子生物学数据库连接起来。其他工具可用于序列相似性搜索（例如FASTA和BLAST）。过去一年的变化包括取消序列长度限制，emblcds数据集的推出，序列版本存档功能的扩展以及TPA数据质量规则的修订。
The EMBL Nucleotide Sequence Database (http://www.ebi.ac.uk/embl), maintained at the European Bioinformatics Institute (EBI) near Cambridge, UK, is a comprehensive collection of nucleotide sequences and annotation from available public sources. The database is part of an international collaboration with DDBJ (Japan) and GenBank (USA). Data are exchanged daily between the collaborating institutes to achieve swift synchrony. Webin is the preferred tool for individual submissions of nucleotide sequences, including Third Party Annotation (TPA) and alignments. Automated procedures are provided for submissions from large-scale sequencing projects and data from the European Patent Office. New and updated data records are distributed daily and the whole EMBL Nucleotide Sequence Database is released four times a year. Access to the sequence data is provided via ftp and several WWW interfaces. With the web-based Sequence Retrieval System (SRS) it is also possible to link nucleotide data to other specialist molecular biology databases maintained at the EBI. Other tools are available for sequence similarity searching (e.g. FASTA and BLAST). Changes over the past year include the removal of the sequence length limit, the launch of the EMBLCDSs dataset, extension of the Sequence Version Archive functionality and the revision of quality rules for TPA data.
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