SETTER: web server for RNA structure comparison.
SETTER: web server for RNA structure comparison.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gks560
复制
发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hoksza D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cech P;Svozil D;Hoksza D
最近发现的调节性非编码RNA改变了我们认为RNA是一种简单的信息传递分子的观点。了解活性RNA分子的结构和功能需要比较和分析其3D结构的方法。虽然短RNA的结构对齐可以在合理的时间内实现，但大结构代表了更大的挑战。在这里，我们提出了SETTER网络服务器的RNA结构成对比较利用SETTER（SEconstructure-based三级结构相似性算法）算法。SETTER方法将RNA结构划分为称为广义二级结构单元（GSSU）的非重叠结构元件的集合。对于一个GSSU的大小，SETTER算法的时间复杂度为O（n2），对于结构中GSSU的数量，算法的时间复杂度为O（n）。这种缩放使SETTER的速度很高，因为GSSU的平均大小保持不变，而与结构的大小无关。然而，该算法的速度并不影响其准确性。SETTER网络服务器以及SETTER算法的独立实现可以在http://siret.cz/setter上免费访问。
The recent discoveries of regulatory non-coding RNAs changed our view of RNA as a simple information transfer molecule. Understanding the architecture and function of active RNA molecules requires methods for comparing and analyzing their 3D structures. While structural alignment of short RNAs is achievable in a reasonable amount of time, large structures represent much bigger challenge. Here, we present the SETTER web server for the RNA structure pairwise comparison utilizing the SETTER (SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm) algorithm. The SETTER method divides an RNA structure into the set of non-overlapping structural elements called generalized secondary structure units (GSSUs). The SETTER algorithm scales as O(n2) with the size of a GSSUs and as O(n) with the number of GSSUs in the structure. This scaling gives SETTER its high speed as the average size of the GSSU remains constant irrespective of the size of the structure. However, the favorable speed of the algorithm does not compromise its accuracy. The SETTER web server together with the stand-alone implementation of the SETTER algorithm are freely accessible at http://siret.cz/setter.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Apostolico A;Ciriello G;Guerra C;Heitsch CE;Hsiao C;Williams LD
通讯作者：
Williams LD
影响因子：
14.9
作者：
Wang CW;Chen KT;Lu CL
通讯作者：
Lu CL
影响因子：
5.8
作者：
Dror, O;Nussinov, R;Wolfson, H
通讯作者：
Wolfson, H
影响因子：
14.9
作者：
Tamura, M;Hendrix, DK;Holbrook, SR
通讯作者：
Holbrook, SR
影响因子：
5.8
作者：
Hoksza, David;Svozil, Daniel
通讯作者：
Svozil, Daniel