Finding 3D motifs in ribosomal RNA structures.
Finding 3D motifs in ribosomal RNA structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkn1044
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发表时间：
2009-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Williams LD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Apostolico A;Ciriello G;Guerra C;Heitsch CE;Hsiao C;Williams LD
识别小的结构基序并将其组织成更大的结构基序是分析、预测和设计大RNA的3D结构的基本兴趣。这个问题已经被研究得很少，因为大多数现有的工作仅限于RNA二级结构中的基序的表征和发现。我们提出了一种新的几何方法的表征和鉴定的结构基序在3D rRNA分子。该方法能够有效地识别已知的3D图案，如四环，E-环，扭结和其他。此外，它提供了一种新的方法来表征复杂的3D图案，特别是连接，已经定义和识别的二级结构，但还没有进行分析和分类的三维。我们证明了我们的方法的相关性和实用性，通过将其应用到海生盐球藻大核糖体单位。在实现专用Web服务器之前，本文附带的代码（用JAVA编写）可根据联系作者的请求提供。
The identification of small structural motifs and their organization into larger subassemblies is of fundamental interest in the analysis, prediction and design of 3D structures of large RNAs. This problem has been studied only sparsely, as most of the existing work is limited to the characterization and discovery of motifs in RNA secondary structures. We present a novel geometric method for the characterization and identification of structural motifs in 3D rRNA molecules. This method enables the efficient recognition of known 3D motifs, such as tetraloops, E-loops, kink-turns and others. Furthermore, it provides a new way of characterizing complex 3D motifs, notably junctions, that have been defined and identified in the secondary structure but have not been analyzed and classified in three dimensions. We demonstrate the relevance and utility of our approach by applying it to the Haloarcula marismortui large ribosomal unit. Pending the implementation of a dedicated web server, the code accompanying this article, written in JAVA, is available upon request from the contact author.
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